Ribotiplendirme (Ribotyping)

[Ersin]

Bakterilerde, ökaryotlarda ve arkelerde bulunan rRNA moleküllerinin birçoğunun moleküler evrimin gidişatında çok az değişmiş olduğu görülmektedir bundan dolayı bu sekanslara spesifik problar
bakterilerin geniş bir sınıflandırmasını, benzer rRNA sekanslarıyla belirleyebilmektedir. Diğer prob tipleri ise belirli türler veya tür içinde sınırlı kalmaktadır.
Ribotiplendirmede total genomik DNA bir restriksiyon enzimiyle daha küçük fragmentlere parçalanmakta ve bu parçalar jel elektroforeziyle birbirinden ayrılmaktadır. Fragmentler jelden bir membrana transfer edilmekte ve ribozomal 16S ve 23S rRNA’yı kodlayan genlerin korunmuş bölgelerine spesifik işaretlenmiş evrensel bir probla hibridizasyona tabi tutulmaktadır. Hibridizasyondan sonra fragmentleri göstermek için probların hibridize olduğu yerde probdaki işaret gözlenmektedir. Ribotip denilen bu bantlar, referans bir tür veri bankasıyla karşılaştırılarak izolatların tanımlanması için kullanılabilmektedir. Ribotiplendirme aynı zamanda muhtemelen bu yöntemin en yaygın kullanım amacında olduğu gibi, izolatların filogenetik amaçlar için tiplendirilmesinde de kullanılabilir. Geçmiş yıllarda bu yöntem Lactobacillus, Streptococcus, Leuconostoc ve Weissella türlerinin veya alttürlerinin taksonomik çalışmalarında da kullanılmıştır.

Yöntemin ayırım gücü kullanılan oligonükleotit probların ve restriksiyon enzimlerinin sayısına ve tipine bağlıdır. PFGE ile karşılaştırıldığında ribotiplendirme, alttür ve suş identifikasyonu için yetersiz kalmaktadır buna rağmen türlerin ayrımında uygulanabilir bir yöntemdir. Ribotiplendirme; araştırmacıların yanlış bir şekilde PCR-ribotiplendirme olarak tanımladığı, 16S-23S ara
bölgesinin PZR bazlı fragment uzunluk polimorfizminden ayrılmalıdır