Kırgız Devleti yıkılmıştı ancak Kırgızlar bu yenilgiyi kabul etmeyerek yeniden bir Devlet Düzeni oluşturmak için çaba sarf etmeye devam ettiler. Asya’ya hakim olan Cengiz Han, Kırgızlar üzerinde baskı kurarak hakimiyeti altına almak istiyordu. Kırgızların Cengiz Han’a karşı verdikleri son bağımsızlık mücadelesi Cengiz Han tarafından korkunç bir şekilde bastırılınca kesin olarak Moğol hakimiyeti altına girdiler (1217).

Kırgızların Moğol Hakimiyetinden çıkmaları 200 yıl sonra mümkün olabildi. Asya’da artık bir Türk Hakimiyetinden söz etmek mümkün değildi. Zira Karahanlılar ve Selçuklular ile başlayan Batıya doğru göç hareketi, pek çok Türk Boyunun Asya’dan ayrılmasına, Asya’daki Türk Devletlerinin zayıflamasına sebep olmuştu. Asya’daki nüfusu azalan Türkler artık ya küçük devletler kurabiliyor ya da diğer devletlerin himayesinde varlığını devam ettirebiliyorlardı. Batıya doğru göç hareketlerine katılmayan az sayıda boydan biri olan Kırgızlar, Moğol hakimiyeti altında yaşadığı dönemde milli yapılarını koruyarak varlıklarını devam ettirdiler. Nihayet 1399 Yılında, başka bir Moğol kökenli kavim olan Oyratlarla birleşerek Moğol Hakimiyetine karşı isyan ettiler ve tekrar bağımsızlıklarına kavuştular.

Kırgızların, aslen Moğol kökenli olan Oyratlarla birleşerek giriştikleri bu hareket başarıya ulaşmıştı ve Moğol hakimiyetinden çıkmışlardı ancak bu bağımsızlık hareketi çok uzun sürmedi. Aynı tarihlerde Asya’da başka bir Türk boyu olan Özbekler bulunuyordu. Özbekler Kırgızlara nispeten sayıca daha kalabalık ve daha güçlü durumdaydılar. Özbek Hanlığı kendileri gibi bir Türk Boyu olan Kırgızları hakimiyetleri altına alarak güçlenmek istiyorlardı. Bu amaçla Kırgızlar üzerinde baskı kurup biat etmek zorunda bıraktılar. Bu baskılara karşı koyabilecek gücü olmayan Kırgızlar Özbeklerin hakimiyetini kabul etmek zorunda kaldılar ve Moğol Hakimiyetinden henüz çıkmışken Özbek Hakimiyeti altına girdiler (1425).

Moğol hakimiyeti altında kalmaktansa bir Türk Devleti olan Özbeklerin hakimiyetinde kalmak daha kabul edilebilir durumdu belki ancak Moğollar bu kez Özbek Devletini yıkıp tüm Özbek boylarını Moğol hakimiyeti altına almışlardı (1480). Kırgızlar tekrar Moğol hakimiyeti altına girmişlerdi. Bu kez özgürlüklerine kavuşmaları daha uzun sürecektir. 1480 yılında tekrar başlayan Moğol Hakimiyeti ancak 1703 yılında sona erecektir.

Moğolların Asya hakimiyetleri 17. yy’ın sonuna kadar devam etti. Güçlü ve Kalabalık Moğol orduları Asyanın yegane hakimi durumundaydılar ancak doğudan ilerleyen Müslüman Emirliklerin Moğolların hakimiyetini zayıflatmasıyla güçlerini kaybetmeye ve Asya’nın doğusuna doğru çekilmeye başladılar. Müslüman emirliklerin Moğolları zayıflatmasıyla Moğol hakimiyetinden kurtulan Kırgızlar, vatanları olan Tanrı Dağlarına doğru göç hareketine giriştiler. Bu tarihlerde Tanrı Dağı civarında küçük bir devlet olan Hokandlar hüküm sürmekteydi. Uzun yıllar Moğol hakimiyeti altında yaşayan Kırgızlar henüz bir devlet kurabilecek güce sahip değillerdi. Bu sebeple Hokand Hanlığının himayesini kabul ederek tekrar ana yurtlarında yaşamaya başladılar.

Hokand Devleti sayıca nüfusu az ve güçlü sayılamayacak bir devletti. Kalabalık Kırgız Boyları, Hokand Devletine tabi olunca Hokand nüfusunun önemli bölümünü teşkil eder hale geldiler. Zamanla nüfus ve askeri olarak hakimiyeti yavaş yavaş ellerine geçirmeye başladılar. Nihayet Hokand Devleti tam anlamıyla Kırgızların hakimiyetine geçince Kırgızlar yeni vatanları olan Hokand Devletiyle yeniden güçlenmeye ve Tanrı Dağlarına hakim olmaya başladılar (1703).

Kırgızların hakimiyetiyle güçlenen ve bölgesinde önemli bir unsur haline gelen Hokand Devleti, Kırgızlara tam anlamıyla bağımsız bir yaşam sürem olanağı tanımıştı. Yaklaşık 100 yıl bağımsız ve güçlü bir devlet yapısıyla varlıklarını varlıklarını devam ettirdiler. 1800’lü yıllara doğru gelindiğinde Hokand Devletinin hakimiyet sürdüğü coğrafyada başka bir Türk Beyliği kendini göstermeye başlamıştı. Aslen Türk Kökenli olan ancak zamanla Araplaşan Buhara Emirliği Hokand Devleti için bir tehdit unsuru haline gelmişti. Zira Asya’da sayıca az olan Türk Boyları, güçlenmek için nüfuslarını genişletmek ve kendileriyle aynı soydan gelen toplumları bünyelerine katarak büyümek isteyeceklerdi. Buhara Emirliği de kendileri gibi Türk Kökenli olan Hokand Hanlığını ele geçirip hem coğrafyasını genişletmek hem de halkını kendilerine tabi ederek güçlenmek arzusundaydı. 1802’de Buhara Emirliği ile Hokand Devleti arasındaki bu mücadele 1822 yılına kadar kanlı şekilde devam etti. Her iki devlette denk güçlere sahipti ve birbirlerine karşı kesin bir üstünlük sağlayamadılar. Öyle ki hem Kırgızlar, hem Buhara Emirliği galip gelebilmek için Osmanlı Devletinin hakimiyetine tabi olmak için elçiler göndermekteydi. Bu iki Türk Devleti arasındaki mücadele Türklerin Asya’daki hakimiyetine son verip Türk Coğrafyasının Slavların eline geçmesine sebep olacak süreci başlattı.

1840’lı yıllardan itibaren Asya içlerine doğru akınlar düzenleyen Slavlar 1846 yılında Kazalinsk kalesine ulaşmışlardı. Oldukça stratejik bir nokta olmasına karşın ciddi şekilde korunmayan bu kale Slavlara büyük bir stratejik avantaj kazandırmıştı. Slavlar Kazalinsk kalesine sahip olmalarının verdiği avantajla Türk illerine istila hareketlerine giriştiler. 1864 yılında Hokand Devletine bağlı olan Çimkent’e kadar ilerleyip şehri zaptettiler. Hokand Hanı Alim Kul, Slav istilacıları geri püskürtmek ve Çimkent’i geri almak için hareket geçtiğinde Buhara Emiri Ömer Han Hokandın Başkentine saldırmıştı. Slavlara karşı mücadele için yola çıkan Alim Kul, Buhara Emirinin Hokand Başkentine saldırdığını öğrenince geri dönmek zorunda kaldı. İki Türk Devletinin mücadelelerinden Slavlar karlı çıkmıştı. Alim Kul’un seferi yarım bırakarak geri dönmesi ile Çimkent Slavların kontrolüne girmişti (22 Eylül 1864). Slav orduları Çimkent’i aldıktan sonra Asya içlerine doğru ilerlemeye başladılar. Slavların İç Asya’da hakimiyet alanlarını genişletmeleri Asya’daki son Türk Devleti olan Hokand Devleti ve Buhara Emirliğinin zayıflamasına ve güçlerini kaybetmesine sebep oluyordu. Slavlar ise güçlenerek Türk Yurtlarını birer birer işgal ediyorlardı.

Hokand Hanı Alim Kul, Çimkenti tekrar geri almak için 23 Mayıs 1865 yılında yeniden bir sefer düzenledi. Alim Kul’un bu Şehit olmasıyla Asya’daki son Türk Hakimiyeti dönemi de sona erdi. Slavlar Alim Kul’un ölümü üzerine Hokand Başkenti Taşkent’i kuşatarak Hokand Devletine son verdi. Kırgızlar bu mağlubiyetten sonra bu kez Slav hakimiyeti altına girmek zorunda kaldılar. İki Türk Devletinin birbirleriyle mücadelesinden karlı çıkan Slavlar zamanla tüm Kuzey Asya’ya hakim hale gelerek Asya’daki Türk Varlığına son verdiler. Türklerin Asya’daki varlıklarının tekrar ortaya çıkması ancak 20. yy’da Sovyet Rusya’nın bölünmesiyle gerçekleşebilecekti.