Tuğrul ve Çağrı Bey Dönemi (1030 – 1063)
Arslan Bey’in tutsak edilmesi ile otorite boşluğuna düşen Selçuklu Beyliğinin tekrar ayağa kalkması 10 yıl sürdü. Bu süre zarfında Selçukluların birliğini ve ordusunu yeniden tahsis eden Tuğrul ve Çağrı Beyler, güçlerini toparlayarak tarih sahnesine tekrar çıktılar. Aynı tarihte Gazneli Mahmut vefat etmiş yerine oğlu Mesut Han geçmişti. Tuğrul ve Çağrı Bey’ler, amcaları Arslan Bey’in tutsaklığına son verilmesi karşılığında Gazne Devletine bağlılığı kabul edeceklerini bildirdiler. Gazne Sultanı Mesut Han’da bu teklifi kabul ederek Arslan Bey’i serbest bıraktı ve Selçuklu Beyliğinin tabiiyetini kabul etti. Ancak Tuğrul ve Çağrı Bey’lerin amacı Selçuklu Beyliğini bağımsız bir devlet haline getirmekti. Tuğrul ve Çağrı Bey’lerin bu amaçlarını öğrenen Mesut Han, Arslan Bey ve oğlu Kutalmış’ı yeniden hapse atarak anlaşmayı bozmuş oldu. Tuğrul ve Çağı kardeşler, amcaları Arslan Bey’i kurtarmak için pek çok teşebbüste bulunsalar da muvaffak olamadılar. Arslan Bey’in oğlu Kutalmış, bir yolunu bularak hapisten kaçarak Buhara’ya dönse de Arsan Bey, kalan ömrünü Kalincar Hapishanesinde tamamlayarak 1032 yılında vefat etti.

Arslan Bey’in vefatından sonra Selçuklu Beyliğinin tek hakimi Tuğrul Bey ve kardeşi Çağrı Bey olmuştu. Selçuklular, Arslan Beyin ölümünden önce Türk Töresi gereği Gazne Devletine bağlı olarak Gazne Ordusunda görev yapıyor, Gazne Sınırlarının güvenliğini sağlıyor ve vergi ödüyorlardı. Ancak Arslan Bey’in ölümünden sonra bu bağlılık ortadan kalkmıştı. Tuğrul ve Çağrı Bey’lerde hakimiyet alanlarını genişletmek için, Gazne Sultanından izin almadan Horasan’a yerleştiler. Türk Töresi gereği Boylar, yerleşecekleri bölgelere Büyük Kağanlarının izni olmaksızın göç edemezlerdi. Selçukluların bu eylemi bir anlamda başkaldırı ve isyan olarak nitelendirilebilecek şiddette bir itaatsizlikti. Gazne Sultanı Mesut Han, Selçukluların Horasan’a izinsiz olarak yerleşmelerine önce müsamaha gösterdi. Güçlendikçe kalabalıklaşan Selçuklular, Horasan’dan sonra Merv ve Nesa şehirlerine de girdiler. Selçuk Bey’in bu yayılma stratejisi bir istila gibi görünebilirdi. Bu sebeple Gazne Sultanına mektup göndererek Horasan, Merv ve Nesa şehirlerinde yerleşim izni verilmesi karşılığında Gazne Devletine bağlı kalacaklarını bildirdiler. Tuğrul Bey’in amacı hakimiyet alanını genişleterek daha geniş alanlarda mücadele ederek stratejik avantajlar sağlamaktı. Bunun farkında olan Gazne Sultanı Mesut Han, Tuğrul Bey’in mektubuna cevap dahi vermeden ordularını hazırlayarak Selçukluların üzerine sefere gönderdi (1035).

Selçuklular ile Gazne Devleti arasındaki ilk kez bir savaş gerçekleşecektir. Gazne Sultanı, Selçukluların gücünü önemsemeyip ordusunu, başına geçmeden kumandanlarının idaresinde Selçukluların üzerine sefere göndermişti. Tuğrul Bey ve ordusu, Gazne Ordusunu Nesa şehrinin girişinde karşıladı ve Meydan Muharebesi şeklinde tezahür eden bu savaşta Gazne Ordusu ağır bir yenilgi alarak geri çekilmek zorunda kaldı. Bu mağlubiyetin ardından Gazne Sultanı, Tuğrul Bey’in kendisine gönderdiği mektubu cevaplayarak Horasan, Merv ve Nesa şehirlerinde kendilerine oturma ve barında izni verdiğini bildirdi.

Selçuklular istediklerini almışlardı ama bununla yetinmediler. İlerleyen yıllarda yayılmalarını devam ettirerek 3 yıl sonra 3 yeni şehirde daha yerleşme izni istediler. Gazneli Mesut, Selçukluların bu isteklerini daha önce olduğu gibi yine reddederek üzerlerine öncekinden daha güçlü ve donanımlı bir ordu gönderdi (1038). Gazne Ordusu, 1035 yılında Nesa’da mağlup olan orduya göre çok daha güçlüydü ancak aradan geçen süre zarfında Selçuklularda güçlenmişlerdi. Gazne Ordusu ile Selçuklu ordusu, Sarah şehrinde, 1035 yılındaki gibi yine bir meydan muharebesi ile karşı karşıya geldiler. Gazne Ordusu, bu savaştan da ağır bir mağlubiyet alarak geri çekilmek zorunda kaldılar. Selçukluların bu zaferi Büyük Selçuklu Devletinin doğuşu anlamına geliyordu.

Tuğrul Bey kendisini Büyük Kağan ve Sultan, kardeşi Çağrı Bey’i de ortak kağan ilan ederek Büyük Selçuklu Devletinin bağımsızlığını ilan etti. Türkistan’ın en önemli kentlerinden olan Horasan, Merv ve Nesa Selçukluların hakimiyeti altına girmiş, Nişabur şehri ise Selçukluların Başkenti olmuştu. Bu durum elbette en çok Gaznelilerin itibarına gölge düşürmüştü. Karahanlılar ise yaşadıkları iç karışıklıklar ve saltanat mücadeleleriyle baş etmekten Büyük Selçuklu Devletinin Kurulmuş olmasına tepki veremeyecek durumdaydı.

Gazne Sultanı Mesut Han, önceleri bir beylik olarak kendisinden toprak isteyen Selçukluların karşısında zor durumdaydı. Art arda aldığı ağır mağlubiyetler de Mesut Han’ın iktidarına gölge düşürmüştü. Üstelik Selçuklular Gaznelilerin toprakları üzerinde bağımsızlığını ilan etmiş, Gazne Devletinin en stratejik bölgeleri Selçukluların idaresi altına girmişti. Mesut Han, Selçuklularla mücadele etmekten vazgeçmedi. Bu kez ordusunun başına kedisi geçti ve ordusunun tüm gücünü seferber ederek Selçukluların üzerine taarruza kalktı. Tarihe Dandanakan Savaşı olarak geçen bu hadise hem Gazne Devletinin yıkılma sürecini başlatacak ve Türk Dünyasının en büyük güçlerinden biri olan Büyük Selçuklu Devletini Bozkır İmparatorluğundan Cihan Devletine dönüştürecektir.

Dandanakan Savaşı (1040)
Mesut Han, 1038’deki ağır mağlubiyetin ardından İki yıl süren bir hazırlık neticesinde çoğunluğu atlı süvarilerden oluşan 100.000 kişilik bir ordu hazırladı. Gazne Ordusu Selçuklu ordusuna nispetle oldukça büyük ve kabalalıktı. Gazneli Mesut, ordusunun başında sefere çıkarak 16 Ocak’da Nişabur Şehrine ulaştı. Savaşı Nişabur üzerinden kurgulamıştı ancak Sarah savaşında ağır tahribata uğrayan ve halkı çevre şehirlere göç eden Nişabur şehri yiyecek ve temiz su sıkıntısı içerisindeydi. Kalabalık ordusunun yiyecek ve içecek ihtiyacını karşılamak amacıyla çevre illerden erzak tedariki yapmaya çalışsa da yeterli olamayınca Merv şehrine ilerlemeye karar verdi. Selçuklular Gazne Ordusunu ilerleme esnasında hem vur-kaç taktikleriyle yoruyor ve yavaşlatıyor, hem de erzak tedariki için lojistik hareketlerini baltalıyordu.

Gazne ordusu hem kalabalık olduğu için yavaş ilerliyor, hem de açlık, susuzluk ve yorgunluk nedeniyle zayıf düşüyordu. Nihayet Merv şehrinde konuşlu bulunan Dandanakan kalesi önünde karşı karşıya geldiler. Gazne ordusu Dandanakan kalesine doğru ilerlemekteyken Selçuklu ordusu ilk taarruza başladı. Taarruza rağmen kaleye ilerlemeye devam eden Gazne ordusu, hem Selçuklularla hem de susuzluk, açlık ve yorgunlukla mücadele ediyorlardı. Dandanakan kalesine girerek savunma savaşı yapmak Gazne ordusu için önemli bir avantaj sağlayacaktı ancak Kaleye girmeleri ve kuşatılmaları halinde dışarıyla bağlantıları kesilecek, artan su sıkıntısı katlanılamaz bir hale gelecekti. Bunun üzerine kaleye sığınarak savunma savaşı yapmak yerine Ordunun su sıkıntısını gidermek için birkaç kilometre daha güneyde bulunan Su kuyularına doğru ilerlemeye karar verdiler. Selçuklu ordusu Gazneliler üzerindeki taarruzlarını şiddetlendiriyor ve baskısını arttırıyordu. Gazne ordusu ise hem Selçuklulara karşı koymaya çalışıyor hem de su kuyularına doğru ilerlemeye çalışıyorlardı.

Bu keşmekeş içerisinde düzeni ve disiplini bozulan Gazne ordusu, Selçukluların planlı ve ısrarlı taarruzları karşısında tutunamayarak sayıca fazla ve güçlü olmalarına rağmen ağır kayıplar vererek yenik düşmeye başladılar.

Savaşın sonunda ağır bir yenilgiye uğrayan Gazne ordusu savaş meydanından düzensiz şekilde çekilmeye başladılar. Gazneli Mesut, bu mağlubiyetten sonra otoritesini yitirmiş, askerlerinin saygısını ve bağlılığını kaybetmişti. Kendisine bağlı küçük bir birlik ile Hindistan’a doğru ilerleyerek hem Selçuklulardan hem de kendi askerlerinden kaçmaya başladı. Bu kaçış hareketiyle Selçuklulardan kaçmayı başarabilmişti ancak kendi askerlerinden kaçamayıp askerleri tarafından öldürüldü.