Alaeddin Muhammed Dönemi (1200 – 1220)
Muhammed Han, babası Tekiş han’ın vefatı üzerine Harzemşahlar tahtına geçince, her saltanat devrinde olduğu gibi bağımsızlığını kazanmak isteyen zümreler başkaldırdılar. İlk başkaldıranlar Afganistan bölgesinde kalabalık kitleler halinde yaşayan Gurlar oldu. Onları bazı Türk Beylikleri ve malikler takip etti. Saltanat makamını ve otoritesini korumak zorunda olan Muhammed, önce küçük melikleri ve beylikleri etkisiz hale getirdi. Başkaldıran Gurlar üzerine gidemese de Gur sultanının vefat etmesi üzerine Harat’a girerek buradaki hâkimiyetini kesinleştirdi (1207). Muhammed Han, İç huzursuzlukları ortadan kaldırmıştı ancak Tekiş döneminde bertaraf edilen Karahıtaylılar yeniden güçlenerek Harzemşahlar’ın hâkimiyeti altındaki bölgelere yağma faaliyetleri başlatmıştı. Buhara’nın hâkimiyetini elinde bulunduran Karahıtaylılara taarruz ederek burayı da hâkimiyeti altına aldı (1207). Neredeyse 200 yıl boyunca Türk Yurtlarını tehdit eden Karahıtaylılar hem Harzemşahlara karşı başarılı olamamışlar hem de doğudan yükselen Cengiz Han liderliğindeki Moğol İstilalarına maruz kalmışlardı. Cengiz Han’ın ordularından kaçan Naymanlar Karahıtaylılar’ın hâkimiyeti altındaki bölgelere taarruz edince zayıflayan Karahıtaylılar, Buhara mağlubiyeti ile birlikte Harzemşahlar’ın hâkimiyetini kabul etmek zorunda kaldılar (1212).

Karahıtaylılar tehlikesinin ortadan kalkmasıyla güçlenen Muhammed Han, 1215’de Gazne’yi hâkimiyeti altına alarak burayı oğlu Celaleddin’e bırakıp Harezm’e geri döndü. Bu tarihlerde hâkimiyet alanlarını kaybetmiş olan Sasani kökenli Azarbeycan ve Fars atabeyleri güçlenmiş, Harzemşahların sınır komşuları haline gelmişlerdi. Sınırlarını Azarbeycan hattına kadar genişletmek isteyen Muhammed Han, ağır kış şartlarında giriştiği bu sefer sonucunda mağlup olunca Harzemşahlar için zor günler başladı (1217).

Harzemşahların Zayıflaması ve Yıkılması
200 yıl boyunca devam eden Karahıtaylı tehdidi artık ortadan kalkmış, Moğol kökenli Karahıtaylılar Harzemşahlar’ın tebası olmuşlardı. Ancak Karahıtaylılar’ın arkalarından batıya doğru ilerleyen daha büyük bir Moğol Tehdidi baş göstermişti. Cengiz Han liderliğinde birleşen Moğollar önce Çin’i ele geçirmiş, sonrasında ise karşılarına çıkan her şehri yağma ve talan ederek büyük bir vahşetle batıya yönelmişlerdi. Muhammed Han, Moğollara karşı koyamayacağını anlayıp ticaret münasebetlerini geliştirerek iyi ilişkiler içerisine girdi. Ancak birkaç yıl sürebilen bu iyi ilişkiler, Cengiz Han’ın ticaret kervanları ile birlikte Harzemşahlar’ın bölgesine gönderdiği casuslardan birinin ortaya çıkması üzerine bozuldu.

Cengiz Han’ın stratejileri yalnızca savaş meydanlarında değil savaş öncesi ve sonrasındaki casusluk faaliyetleriyle birlikte bir bütün oluşturmaktaydı. Harzemşahlar ile yapılan ticaret anlaşmalarını kullanarak ticaret kervanlarında görev verdiği casusları üzerinden hem bilgi topluyor hem de bu casuslar ile Harzemşahlar devlet görevlilerini rüşvet ve menfaat vaat ederek satın alıyordu. Bu casuslardan birisi Harezm’de yakalanınca Harezm Valisi İnalcık, casusluk yapan kervanı yağma edip casusların sakallarını yakarak geri gönderdi. Tarihe Otrar Vakası olarak geçen bu olay sonucunda Harzemşahlar ile Moğollar arasındaki iyi ilişkiler sona erdi. İnalcık’ın bu hareketi kuşkusuz ki Cengiz Han’ın öfkesini çekecek, Moğollar ile geliştirilmiş olan iyi ilişkileri bozacaktı. Ancak Moğolların her halükarda Harzemşahlar’ın üzerine taarruz edeceği de biliniyordu. Cengiz Han, elçisini göndererek malların tazminini ve Harezm valisi İnalcık’ın teslim edilmesini istedi. Muhammed Han, Cengiz Han’ın bu istediğini reddedince Harzemşahların sonunu hazırlayan Moğol İstilası başladı (1219).

200 Bin kişilik devasa bir orduyla yola düşen Cengiz Han, önündeki şehirleri ayaklarının altına alıp yakarak batıya, Harezm topraklarına doğru ilerlemeye başladı. Kısa süre içerisinde Buhara, Semerkand, Otrar, Sığnak, Berakend ve Hocend Moğollar tarafından istila edildi. Kalabalık Moğol ordusuna karşı vur-kaç taktikleriyle yıpratmaya çalışan Muhammed Han, giriştiği son mücadelede de mağlup olunca kaçarak Abiskun’da bir adaya sığındı. Harzemşahlar Moğol istilalarına karşı koyamayarak yıkılmıştı. Hakimiyeti altına aldığı Kuzey İran, Horasan ve Gazne bölgelerinde tutunamayarak çekilmek zorunda kaldı. Devleti başında bir hükümdar bulunmadığından Irak ve Bağdat bölgelerinde de başkaldıranlar Harzemşahların bölgedeki otoritelerini sahiplendiler ve Harzemşahlar devletini tarih sahnesinden sildiler. Moğol mağlubiyeti sonrasında kaçan Muhammed Han, 1220 yılında vefat edince oğlu Celaleddin, babasından kalan saltanat makamına oturdu.