Ebu Said Dönemi (1449 – 1469)
Ebu Said döneminde Timur Devleti tam anlamıyla çözülme sürecine girdi. Anadolu toprakları kaybedildi, Kafkaslar’daki Timur hâkimiyet ortadan kalktı ve Maveraünnehir Özbek toplumların yoğun göçlerine maruz kaldı. Kalabalık Özbek toplumları, Timur Han döneminde başlayan göç dalgalarını Ebu Said Döneminde hızlandırarak kalabalık kitleler halinde Maveraünnehir’e yerleştiler. Özbeklerin zayıflamış olan Timur Devletinin saltanat makamı üzerindeki etkileri derin oldu. Devlet idaresinde giderek daha çok söz sahibi olmayan başlayan Özbekler, Timur Ordusu içerisinde de daha geniş yetkiler aldılar ve siyasi olarak inisiyatifi ele geçirmeye başladılar.

Ebu Said, Maveraünnehir ve Horasan bölgelerinde sarsılan hâkimiyetini sağlamlaştırmak amacıyla Batı Sınırlarındaki Akkoyunlular ile Karakoyunlular üzerine sefere çıktı. Batı sınırlarındaki tehdidi bertaraf etmesi hâkimiyetini güçlendirecek, Merkezi otoritesi de sağlamlaşacaktı. Ancak bu sefer umduğu gibi sonuçlanmadı. Akkoyunlu Hükümdarı Uzun Hasan ile Herat’da yaptığı savaşı kaybeden Ebu Said’in itibarı sarsılmıştı. Saltanat varislerinin bu durumdan istifade ettiler. Timur’un torunu Mirza Baykara’nın oğlu Hüseyin Baykara, Herat’ı ele geçirerek Saltanat makamına yerleşti (1469). Ebu Said bu mağlubiyetten kısa bir süre sonra vefat etti.

Hüseyin Baykara Dönemi (1469 – 1507)
Hüseyin Baykara, hem zeki ve yetenekli bir hükümdar hem de büyük bir şairdi. Genç yaşta Herat Emiri Ebul Kasım Babür’ün hizmetine girmişti. Çok iyi bir öğrenim görerek devlet teşkilatlanması üzerine tecrübeler edindi. Emir Ebul Kasım’ın vefatı üzerine Merv’e geçmiş, burada Merv Emiri Muizüddin Sencer’in kızı ile evlenerek nüfuz kazanmıştı. Burada kazandığı nüfuz ile Maveraünnehir’de güçlenen Özbeklerden destek alarak Özboy dolaylarında küçük bir bölgenin hâkimiyetini ele geçirdi. Ebu Said, aynı tarihlerde Akkoyunlular üzerine taarruz etmiş ve Herat’da yenilince itibarını kaybetmişti. Hüseyin Baykara, bu durumdan istifade ederek Herat’ı ele geçirdi ve Timur Devletinin saltanat makamına yerleşti (1469).

Hüseyin Baykara, saltanat makamına geçtikten hemen sonra Ebu Said’in oğlu Yadigâr Mirza ile mücadeleye girişti. Yadigâr Mirza, babasının saltanatı kaybetmesine sebep olan savaşın tarafı Akkoyunlular ile ittifak kurarak Herat’a girdiler. Hüseyin Baykara, bu taarruz karşısında zor duruma düştü. Saltanat makamını bırakarak geri çekilmek zorunda kaldı ancak 350 askeriyle birlikte bir gece baskını yaparak saltanat makamını tekrar ele geçirdi (24 Temmuz 1470).
Baykara, saltanatını korumuştu ancak dış tehditlerin yanı sıra büyük bir iç mesele haline gelen Özbeklere karşı yeteri kadar güvence altında değildi. Özellikle Şeybaniler olarak anılan Kuzey Özbekleri Saltanat merkezi için büyük bir tehdit oluşturuyorlardı. Şeybaniler üzerine yaptığı başarılı seferlerle bu tehlikeyi bertaraf etti ve Ceyhun Nehri boyunca konuşlu bulunan önemli kaleleri güçlendirerek aktif hale getirdi.

Hüseyin Baykara, Özbek tehdidine karşı topraklarını başarıyla korudu. Ancak Timur Devleti cihan hâkimiyetini kaybederek küçülmüş, toprakları Horasan ve Doğu İran coğrafyasından ibaret hale gelmişti. Hüseyin Baykara’nın askeri ve idari yetenekleri Timur Devletini en zor zamanında yıkılmaktan kurtarmıştı. Saltanat makamı için en büyük tehdit unsuru olan Özbekler bastırılmış, Anadolu hattından vazgeçilmiş olsa da Maveraünnehir bölgesindeki hâkimiyet güçlenmişti.
Devlet idareciliğindeki başarıları, zekâsı ve güçlü kişiliğiyle 38 yıl boyunca Timur Devletinin hükümdarlığını üstlenen Hüseyin Baykara, devlet adamlığı dışındaki en önemli meziyeti olan edebi kişiliği ile ön plana çıktı. 1480’li yıllardan sonra Timur Devleti tam anlamıyla bir kültür ve medeniyet yurduna dönüştü. Bu tarihlerde Türk Edebiyatı yalnızca Osmanlı’da yükseliyordu ve Osmanlı dönemindeki edebiyat akımları Farsçanın ve Fars kültürünün etkisi altındaydı. Oysa Hüseyin Baykara, tüm şiirlerini Türkçe kaleme alıyordu ve Herat’da tam anlamıyla bir Türk Kültürü şahlanışı yaşanıyordu. Bilim adamları, şairler, sanatçılar ve din adamları için Herat bir ilim akademisi haline gelmişti.

Yıkılmak üzere olan Timur Devletini yeniden ayağa kaldıran Hüseyin Baykara, dış ve iç tehditleri bertaraf ettikten sonra edebiyata ve sanata önem vererek ülkenin idaresini, valiler olarak atadığı oğulları üzerinden gerçekleştiriyordu. 1400’lü yılların sonuna doğru gelindiğinde yaşı ilerlemiş olan Hüseyin Baykara, devletin idaresini teslim ettiği oğulları ile anlaşmazlıklar yaşamaya başladı. Kendisinin vefatı ile saltanat mücadelesi içerisine girmeye hazırlanan oğulları devletin idaresinde daha çok söz sahibi olmaya çalışıyor, kimi zaman itaatsizlik yaparak öne geçmeye çalışıyorlardı. Bu anlaşmazlıkların en önemli aktörü Hüseyin Baykara’nın büyük oğlu Bediüzzamandı.

Bediüzzaman, babasının makamına geçmek için onun ölümünü beklemeden henüz hayattayken makamına geçme niyeti taşıyordu. 1499 yılında ilk teşebbüsünü gerçekleştirdi ve Herat’ı kuşatarak babasını tahttan indirmeye teşebbüs etti. Bediüzzaman’ın bu girişimi sonuçsuz kaldı ancak saltanatın otoritesi sarsılmıştı. Uzun yıllardır Devlet için bir tehdit unsuru olan ve kontrol altında tutulan Özbekler, iç karışıklıkların çıkması üzerine yeniden ortaya çıktılar ve isyan hareketleri içerisine giriştiler. Ayrılıkçı faaliyetler yürüten Özbeklerin çıkarttıkları sorunlar iç karışıklıkların ortaya çıkması sebebiyle uzun yıllar boyunca çözülemedi. Hüseyin Baykara, uzun yıllardır devam eden huzur ortamını bozan iç karışıklıkları ve bu iç karışıklıkları fırsat olarak değerlendirip ortaya çıkan Özbekleri bastırmak ve yeniden itaat altına almak amacıyla 1506’da sefere çıktı. Ancak ilerleyen yaşı hasebiyle bu seferi tamamlayamayarak sefer yolculuğu esnasında vefat etti (1506).

Timur Devletinin Yıkılması (1507)
Hüseyin Baykara’nın ölümü üzerine yerine büyük oğlu Bediüzzaman geçti. Kardeşi Babür ile güçlerini birleştirerek yarım kalan Özbek seferini tamamlamak için uğraştılar ancak başarılı olamadılar. Bunun üzerine Özbekler Herat’a girdiler ve şehrin hâkimiyetini ele geçirdiler. Bediüzzaman ve Babür ise ordularını dağıtarak mağlubiyeti kabul ettiler (1507).

Timur Devletinin yıkılması ile hâkimiyet alanlarını sahiplenen Özbekler, devam eden yıllarda bölgenin yegâne hâkimi durumuna geldiler. Bölgedeki Türk Halklarını da tabiiyeti altına varlıklarını günümüze kadar devam ettirdiler.