Şah Ali, henüz 13 yaşında olduğundan devletin idaresi Slav elçilerin kontrolündeydi. Slav elçiler, asayişi sağlamak bahanesiyle Slav ordularını Kazan Hanlığı bünyesinde konuşlandırmaya başladı. Bu durum Türk boyları arasında huzursuzluklara sebep oldu. Slav tahakkümünün giderek artması ve barış ortamının baskı ortamına dönüşmesi tehlikesine karşı milli bir birlik olarak birleşen Türk Boyları, Sidi Oğlan adlı bir beyin etrafında birleşerek Kırım Hanı Sahibgerey ile gizlice ittifak kurdular. Bu ittifak neticesinde Sahipgerey, mahiyetindeki orduyla birlikte tahta oturmak için Kazan kentine girdi. Kazan Han’ı Şah Ali Han, Sahipgerey’in geldiğini haber alınca tahttan inerek Moskova Beyliğine sığındı. Sahipgerey, tahta geçerek hem ülkedeki Slav yanlılarını, hem de imtiyaz sahibi Slav tüccarları öldürterek Slav Hâkimiyetine son vermek için büyük bir ayaklanma başlattı (1521).

Türk Boylarının giriştiği bağımsızlık hareketi ile tahta geçirilen Sahipgerey Kazan Hanlığını Slav tahakkümü altından kurtarmış, Kırım Hanlığı ile ittifak kurarak Moskova Beyliği üzerinde baskı kurduğu gibi 1523’de yaptığı seferle Slavları mağlup ederek Uluğ Muhammed Han döneminde olduğu gibi Slavları vergiye tabi hale getirmişti. Bu savaş sonrasında büyük ganimetler ve köleler alarak Kazan Hazinesini zenginleştirdiler. Kazan Hanlığı, eski parlak günlerine yeniden dönmeye başlamıştı. Halk bu durumdan fevkalade memnundu. Hükümdarlarına sadakatle bağlılardı ve Slavlar Tüccarların imtiyaz kaybetmesiyle ticari anlamda da zenginleşmişlerdi. Ancak bu ümitli dönem uzun sürmedi.

Kırım Hanlığı ile derin münasebetlerin geliştirildiği ve daha çok Kırım hanlığının desteği ile bertaraf edilebilen Slav Tahakkümü, Kırım Hanı Mehmedgerey’in giriştiği bir sefer sonrasında öldürülmesiyle sona erdi. Mehmedgerey’den sonra yerine geçen oğlu Saadetgerey, Kazan Hanı Sahipgerey ile anlaşamadı. Bu anlaşmazlık neticesinde Sahipgerey, Kazan Hanlığındaki hükümdarlığını terk ederek Osmanlı Devletinin Başkenti İstanbul’a gitti (1524).

Sahipgerey, kendi makamına Kırım’dan getirttiği saltanat mensubu Safa Giray’ı getirmişti. Ancak Safa Giray henüz 13 yaşındaydı. Slavlar, siyasi açıdan çalkantılı bir dönemde yönetimi kontrolü altında tutabileceğini düşünmedikleri Safa Giray üzerine taarruz ederek bu fırsatı değerlendirmeye çalıştılar. Kazan şehrine giren Slav orduları, beklenmedik bir şekilde 13 yaşındaki hükümdar Safa Giray’a mağlup olarak geri döndüler (1524). Bu mağlubiyetin üzerine bu kez daha güçlü ve kalabalık bir orduyla 1530’da tekrar Kazan’a giren Slav orduları, Nogayların ve Ejderhanların desteğini alan Safa Giray karşısında daha ağır bir mağlubiyete uğradılar. Üstelik bu savaş neticesinde büyük miktarlardaki Slav silahları ve köleleri ile Slavlara nispeten oldukça zayıf kalan Kazan ordusunu da donattılar. Safa Giray’ın Slavlara karşı kazandığı büyük başarılar Kazan Hanlığının tebaası tarafından memnuniyetle karşılanıyor, hükümdarlarına sadakatle bağlı olan Türk Boyları kendisine karşı rakip çıkartmıyor ve hâkimiyetini kabul ediyorlardı. Ancak Safa Giray’ın Slav tahakkümü altından kurtardığı Kazan Hanlığı bu kez Kırım Tahakkümü altına girmeye başlıyordu. Saltanat makamında nüfuz kazanmış olan Kırımlılar, Kazan şehirlerinde ticaret ve yerel yönetimlerde de söz sahibi olmaya başlıyorlardı. Bu siyasi tezahürün bir neticesi olarak Kazan Hanlığına bağlı Türk boyları, Kırım Hanlığının ülke nezdinde genişleyen nüfuzlarından rahatsızlık duymaya başladılar. Bu kez bir Kadın liderin etrafında toplanan Kazanlı Türk Boyları, İbrahim Han’ın kızı Gevher Şad’ı kendilerine lider tayin ettiler ve Kırım nüfuzuna karşı muhalif bir cephe oluşturarak Safa Giray’a karşı politik bir direniş içerisine girdiler. Safa Giray, kendisine karşı ihtilaf halinde olan bu zümrenin faaliyetlerini bertaraf etmek için şiddete başvursa da muvaffak olamadı. Giderek yükselen muhalif hareket, bir komplo ile Safa Giray’ı tahtından indirdi. Yeni bir hükümdar atanana kadar da devlet idaresi Gevher Şad’ın kontrolüne geçti.

Safa Giray’ın tahttan indirilmesi ile birlikte Hanlık yeniden Slav tahakkümü altına girdi. Muhalif Türk Beyleri, Saltanattan boşalan yerin doldurulması için Slav hükümdarına başvuruda bulunarak yeni bir hükümdarın tayin edilmesini istediler. Bunun üzerine Slav Hükümdarının tavsiyesi ile Şah Ali’nin kardeşi Can Ali Kazan Hanlığının hükümdarlığına getirildi (1531).

Can Ali, saltanat makamına geçtiğinde henüz 15 yaşındaydı. Slav sarayında yetiştiği için Moskova Beyliğine derin sadakat içerisindeydi. Hatta evleneceği zaman dahi Slav Hükümdarlığından icazet alarak Nogay Hükümdarı Yusuf Han’ın kızı Süyüm-Bike ile evlendi. Can Ali Han’ın saltanatı dönemi, ağabeyi Şah Ali Han’ın döneminde olduğu gibi Moskova Beyliğine sadakat ve itaatle geçti. Slav tüccarlar, yine imtiyazlarla Kazan şehirlerinde ticaret yapıyor, Hanlık siyasi açıdan Slav elçiler ve devlet adamlarının kontrolünde yönetiliyordu. Bu süre zarfında Türk Beyleri, Safa Giray’a ihtilaf ederek yerine getirdikleri Can Ali’nin teslimiyetçi siyasetine de ihtilaf ederek yeniden muhalif faaliyetler içerisine giriştiler. Slav Hükümdarı 3. Vasili ölünce bu fırsatı değerlendirerek ayaklandılar ve Can Ali Han’ı öldürerek tahttan indirdiler (1533). Yerine ise daha önce tahttan indirdikleri Safa Giray’ı geçirdiler.

Safa Giray’ın saltanat makamına yeniden geçmesiyle birlikte Slavlara karşı mücadele yeniden başladı. Yine Slav tüccarlar üzerinden taarruza geçerek tüccarların Kazan şehirlerini terk etmesini sağladı. Peşinden Slav sınır boylarına taarruz ve yağma faaliyetleri yürüttü. Bu süre zarfında devlet idaresindeki sorunlarla uğraşan Moskova Beyliği Safa Giray’a karşı ciddi bir mukavemet gösteremedi. Zira daha önceki teşebbüslerinde de başarılı olamamışlar, 13 yaşındayken mağlup edemedikleri Safa Giray üzerine politik çalkantılar içerisindeki bir orduyla taarruz etmekten çekinmişlerdi. Ancak Safa Giray döneminde tarih daha önce defakez olduğu gibi yeniden tekerrür etti. Safa Giray’ı Hükümdar yapan muhalif cephe, ülkenin yeniden Kırım Nüfuzu altına girmesine karşı tepki göstererek Safa Giray’ı tahttan indirdiler (1546). Safa Giray, Can Ali Han’ın ölümü ve saltanat makamına geçmesinden sonra Can Ali Han’ın eşi olan Nogay Hükümdarı Yusuf Han’ın kızı Süyüm Bike ile evlenmişti. Saltanattan indirilmesinden sonra da Kayınpederi Nogay Han’ı Yusuf’a sığındı. Kazanlı Türk beyleri ise yeniden Moskova’ya başvurarak hükümdar atanmasını istediler.

Moskova Hükümdarı, tahttan indirilen Şah Ali Han’ı yeniden Kazan hükümdarlığına getirdi. Ancak Slav tahakkümünün yeniden başlayacağını gören Türk Boyları, Şah Ali’nin hükümdarlığını kabullenmeyerek tahttan indirdikleri Safa Giray’a destek verdiler ve Safa Giray, Nogaylardan teşekkül edilmiş ordusuyla birlikte Kazan’a gelerek yeniden tahta geçti (1546). Safagerey, Türk Beylerinin desteğini yeniden kazanmıştı. Ancak sürekli Saltanat makamına müdahale eden, her indirdikleri hükümdardan sonra Slavlardan icazet alan ve ülkeyi yönetilemez hale getiren muhalif Türk Beyleri’nin faaliyetlerine son vermek için harekete geçti. Giderek güçlenen ve beylikler arasında siyasi bir kurum haline gelen muhalif harekete mensup tüm önemli beyleri idam ettirdi. Safa Giray Han’ın bu hamlesi üzerine muhalif harekete mensup diğer beyler öldürülecekleri korkusuyla Moskova Beyliğine sığındılar. Safa Giray Han’ın iç muhalifleri bertaraf etme teşebbüsü sonuç verdi. Saltanat makamı için büyük bir tehdit unsuru olan Muhalif Türk Beyleri nüfuzlarını kaybettiler. Safa Giray Han ise Slavlara karşı vaktiyle kabul edilmiş tüm tahakkümleri reddederek tam bağımsızlık ilan etti. Ancak Kazan Hanlığı Safa Giray Han’ın beklenmedik ölümü üzerine çöküş sürecine girdi. Safa Giray Han, bir kaza sonucu 42 yaşında vefat edince Kazan Hanlığını tarih sahnesinden silecek olan süreç başlamış oldu (1546).