Ekber Şah Dönemi (1556 – 1605)
Ekber Şah, henüz 14 yaşında saltanat makamına geçmişti. Çok genç yaşta olmasına rağmen ordusuna komutanlık ediyor, çetin vazifeler üstleniyordu. Ancak devlet idaresi cenk etmek kadar kolay değildi. Bu sebeple devlet işlerinin idaresinde kendisine rehberlik eden baş vezir Bayram Han ülke yönetiminde söz sahibi durumdaydı. Ekber Şah, 20 yaşına gelene kadar Bayram Şah devlet idaresindeki nüfuzunu genişletmiş, hükümdar adına konuşabilecek ve karar verebilecek kadar inisiyatif sahibi duruma gelmişti. 20 yaşına gelen Ekber Şah, vezir Bayram Han’ın yetkilerini kendisini emekli edip hacca göndererek elinden aldı ve idareyi tek başına üstlendi (1562).

Ekber Şah’ın ilk ve en önemli vazifesi, Hümayun Han döneminde geniş imtiyazlar ve araziler verilen saltanat varisi kardeşlerin devlet içerisindeki başıbuyruk hareketlerini ortadan kaldırmak oldu. Fetret devrinin başlamasına ve devlet içerisindeki otoritenin sarsılmasına neden olan bu başıbuyruk yönetim biçimini ortadan kaldırmak ve olası yeni isyan hareketlerini hızlıca bastırmak için ileri karakollar ve ordugâhlar kurdurdu. Ardından merkezi otorite üzerinde baskı kuran ve itaatsizlik etmekte olan beylikler üzerine sefere çıkarak 1578’de Bengal, 1581’de Kabil, 1587’de Keşmir, 1592’de Sind ve 1594’de Kandahar’ı kesin olarak hâkimiyeti altına aldı ve merkezi otoriteye bağlı hale getirdi. Ekber Şah, böylece fetret devrini sona erdirerek devletin ülke sathındaki otoritesini yeniden tahsis etti.

Ekber Şah dönemine kadar yalnızca devletin asli unsuru olan Türkler sarayda, devlet görevlerinde ve orduda görev yapmaktaydı. Azınlık olarak görülen Hintliler ise tebaa olarak muhafaza ediliyor ve vergi alınıyor ancak devlet teşkilatlanması içerisinde görevlendirilmiyordu. Oysa Babür İmparatorluğunun kurulduğu yıllarda çoğunluk olan Türkler, İmparatorluğun sınırları genişledikçe ve yeni fethedilen coğrafyalarda yaşayan Hintlilerin tebaa haline gelmesiyle nüfus bakımından giderek azınlık haline geliyorlardı. Ekber Şah, bu durum neticesinde Türklere tanınan devlet memuriyeti ve ordu görevlendirmelerine Hintleride kabul etmeye başladı. Ekber Şah’ın bu kararıyla müstakil bir Türk Devleti olan Babür İmparatorluğu giderek Hintleşmeye ve zamanla Türk Nüfusun azınlık hale gelmesi ile birlikte Hint devleti haline gelmeye başlayacaktır.

Ekber Şah, 49 yıllık uzun hâkimiyet döneminde devletine fevkalade hizmetlerde bulundu ve 1603 yılında hastalanarak konuşamaz duruma geldi. Kendisinden sonra yeniden saltanat mücadelesi yaşanmaması için oğlu Cihangir’i çağırarak kılıç kuşandırarak hükümdar ilan etti ve 1605 yılında vefat etti.

Cihangir Han Dönemi (1605 – 1627)
Selim Cihangir Han, babasının vefatı öncesi teveccühüyle kılıç kuşandırılmış ve hükümdar ilan edilmişti ancak babasının kendisine olan güvenini boşa çıkarttı. Zevk ve eğlence düşkünü biri olan Cihangir Han’ın 22 yıllık hâkimiyeti döneminde hiçbir askeri başarı elde edilemediği gibi Babür İmparatorluğunun sonunu hazırlayacak olan İngiliz sömürgecilerin ülkeye girişleri ve pek çok imtiyazlarla ticaret yapmalarının yolunu açtı. Cihangir Han’ın hükümdarlığı döneminde yeniden güçlenmeye başlayan Safevi Devleti, Kandahar şehrine girdi ve şehri savunamayan Cihangir Han, önemli sınır kentlerinden biri olan Kandahar’ı kaybetti.

Cihangir Han’ın başarısız yönetimi döneminde sarayda görev almaya başlamış olan Hintliler de nüfuzlarını arttırmaya başlamışlardı. Hintli devlet görevlilerinin devlet teşkilatlanması içerisinde yükselmesi ile ortaya çıkacak tehlikeleri ön göremeyen Cihangir Han, basiretsiz yönetimi ile merkezi otoritenin zayıflamasına yol açtı ve kaçınılmaz olarak saltanat heveslisi oğullarının Hanlık makamındaki emellerini körükledi. Henüz Cihangir Han’ın sağlığında başlayan saltanat mücadeleleri ve veraset çekişmeleri devletin büsbütün zayıflamasına ve saray içerisinde entrikalar dönmesine sebep oldu.

Saray içerisinde artan entrikalar, Cihangir Han’ın saltanat varisi oğulları arasındaki çekişmeleri de körüklemekteydi. Entrika ve meydan okumalarla tezahür eden veraset mücadeleleri neticesinde ön plana çıkan Hürrem Şah, saltanatı ele geçirecekken beklenmedik şekilde vefat etti. Diğer saltanat varisleri Cihangir Han’ın ölümü beklediler ve yaşça en büyük varis olan Şah Cihan hükümdarlık makamına oturdu (1627).

Şah Cihan Dönemi (1628 – 1658)
Şah Cihan, ağabeyi Hürrem Şah’ın beklenmedik ölümü üzerine yeniden fitili ateşlenen saltanat mücadeleleri içerisinde yer alarak diğer kardeşleri üzerinde baskın gelip Babür İmparatorluğunun hükümdarı olmuştu. Yeniden bir saltanat mücadelesi baş göstermemesi ve kendisine yeni bir rakip çıkmaması için büyük bir katliama imza atarak kendi oğulları hariç saltanat ailesindeki tüm erkekleri öldürttü ve hükümdarlığını güvence altına aldı.

Şah Cihan, kendi oğulları dışında tüm saltanat varislerini öldürtüp hükümdarlığını güvence altına aldıktan sonra ülkesinin idaresini üstlenebildi. Ancak Şah Cihan’da babası Cihangir Han gibi sefahate düşkün bir hükümdardı. Hâkimiyeti döneminde hiçbir askeri ve idari başarı elde edemediği gibi yine babası Cihangir Han döneminde ortaya çıkan İngiliz Sömürgecilerin faaliyetlerine göz yumdu. Her ne kadar İngiliz sömürgecilerinin ticari faaliyetleri ülkeye önemli bir vergi geliri getirse de zamanla Hint yarımadasını zapt edecek İngilizler için bir köprü vazifesi gören ticaret yolları ve imtiyazlı ticaret anlaşmaları Babür İmparatorluğunun yıkımına sebep olan süreci hızlandırdı.
Şah Cihan, 30 yıllık hâkimiyeti döneminde devletin idari ve siyasi istikametine yön veremedi. 1658 yılında hastalanarak vefat edince yerine oğlu Evrengzip geçti (1658).

Evrengzip Han Dönemi (1658 – 1707)
Evrengzip, babası Şah Cihan’ın vefatından sonra saltanat mücadelesi yaşamak zorunda kalmadan hükümdar oldu. Ancak saltanat makamına çıktıktan sonra bölgesel yönetimlerle imtiyaz koparmaya çalışan kardeşleri kendisinin saltanatını ve merkezi otoriteyi tehdit eder duruma gelmişti. Evrengzip de babası gibi kendisi için tehdit oluşturan tüm rakiplerini öldürterek olası bir saltanat mücadelesini kanlı şekilde bertaraf etti.

Evrengzip Han, kardeşlerini öldürterek saltanat üzerindeki tehditleri önemli ölçüde ortadan kaldırdı. Ancak daha büyük bir sorun haline gelen Hintli tebaanın devlet ve ordu idaresindeki nüfuzunu kaldırmak mümkün değildi. Zira Babür İmparatorluğu, artık hem devlet hem de orduda önemli mevkilere gelen Hintli devlet adamları tarafından idare edilmekteydi. Bu unsur sosyal yansımaları sebebiyle büyük bir sorun haline gelmiş olsa da çözülemez duruma gelmişti. Saray içerisinde artan entrikalar, Türk Devlet adamları ile Hintli Devlet adamlarının çekişmeleri, nüfuzunu arttırmak için devletin aleyhine karar veren devlet adamları ülkeyi büyük bir keşmekeşin içerisine sürüklemekteydiler.

Babür İmparatorluğunun en önemli sorunu olan Sömürgecilik ise Evrengzip Han döneminde hat safhaya ulaştı. Ülkede imtiyazlı ticaret anlaşmalarıyla faaliyet gösteren İngiliz sömürgecilerin yanında Hollandalı sömürgeci şirketler de Babür İmparatorluğuna başvurmuştu. Hollandalı şirketler içinde aynı imtiyazlı sözleşmeler ile ticaret imkânı sağlanınca ülke büsbütün yabancı şirketlerin akınına uğramış oldu. İlerleyen yıllarda ülkedeki ticaret neredeyse tamamen yabancıların eline geçecek, Babürlü köylülerin dokuma, gıda ve şehir yaşamları sömürgeci şirketlerin ürün ve istihdamlarına dayalı hale gelerek tükenme noktasına gelecektir.

Evrengzip Han, bir taraftan ticaret anlaşmalarıyla vergi geliri elde edip ülkesini yabancı şirketlerin tahakkümü altına alırken diğer taraftan olası bir sınır tehdidini ortadan kaldırmak için komşuları ile iyi ilişkiler geliştiriyordu. Habeşistan Hükümdarlığına büyük para yardımları yapıyor, diğer komşularına barış elçileri gönderiyor ve sömürge faaliyetlerinden istifade etmesini sağlayarak iyi komşuluk ilişkileri güdüyordu. Cihangir Han döneminden başlayarak devam eden süreçte Babür İmparatorluğu daha çok ticaret ve mevcut hâkimiyet bölgelerinin muhafazası yolunu izledi. Bu zayıf politika Babür İmparatorluğunun sonunu hazırladı. Zira aradan geçen 80 yıl içerisinde şartlar olgunlaşmış, Babür İmparatorluğu için sonun başlangıcına gelinmişti. Evrengzip Han’ın 48 yıllık uzun hâkimiyet dönemi Babür İmparatorluğunun bağımsız ve barış içerisinde yaşadığı son dönem oldu. Evrengzip Han’ın 1707 yılında vefatı üzerine yerine oğlu Bahadır Şah geçti.