Mustafa, nehri doğrudan geçemediği için bir gece baskını ile derenin karşı kıyısında mevzi oluşturmayı düşünür. Azaplardan tertip ettiği kuvvetleri gece gizlice nehirden yüzerek karşıya geçirmeyi dener. Ancak bunu haber alan Murad Han, Umur Bey komutasındaki 2 Bin yeni çeriyi ormanlık alana gizler. Azap kuvvetleri karaya çıkmaları ile tuzağa düşer ve önemli bir kısmı öldürülür, kalanlar ise esir edilir. Bu esirler, daha sonra iki baş esir karşılığında bir koyuna mukabil kasaplara satılır. Bu utanç verici vaka, sonra Azaplar ile Yeni Çeriler arasında uzun yıllar sürecek bir husumetin temelini oluşturmuştur.

Murad Han, Mustafa'nın askerlerinden bir kısmını safına çekmeyi başarmış, ilk taarruzunu da boşa çıkarmıştı. Ancak ordusu daha kuvvetli olan yine de Mustafa'ydı. Hacı İvaz Paşa, akıllıca bir hile ile savaşı kan dökmeden sonuçlandıracak bir hamle yaptı. Cüneyd'e, Murad Han'ın safına geçmesi durumunda affedileceği ve eski beyliğinin iade edileceğine dair bir mektup yazıp gönderdi. Mustafa'ya ise Cüneyd'in saf değiştireceğini bildirdi. Bu dahice plan ile Mustafa emrindeki kuvvetlere şüphe ile yaklaşmaya başladı, Cüneyd ise gece kimseye sezdirmeden yanına 70 kadar askerini alarak gizlice cepheyi terk edip Aydın'a doğru yola çıktı. Durum şafak vakti ortaya çıkınca olanları fark eden bir kısım askerler, hükümdarın kendilerini bırakarak kaçtığını düşünerek telaş ve korkuyla kaçmaya başladılar. Her ne kadar komutanlar bunun bir yanlış anlaşılma olduğunu bağırsalar da dinleyen olmadı. Mustafa, bir anda yanında bir avuç kuvvetle yalnız kaldı. Zaman kaybetmeden kendisine bağlı kuvvetlerle birlikte Gelibolu'ya çekildi. Murad Han, onu takip etmek istese de Lapseki'den Gelibolu'ya geçebilmesi için savaş gemilerine ihtiyacı vardı. Kadırgalarla bunu yapması çok tehlikeliydi, zira Mustafa, Gelibolu'da savunma mevzisi almıştı. Kadırgaların bu savunmaya karşı güvenle sahile yanaşmaları pek mümkün görünmüyordu. Ancak daha önce kendisine kadırga ve savaş gemileri gönderme sözü veren Adorno, sözünü yerine getirmiş ve kıyıya yanaşabilecek savaş tertibatına sahip gemilerle Lapseki'ye ulaşmıştı. Hatta Adorno, kıyıya yanaştığında Mustafa ona 50 Bin duka karşılığında Murad Han'ı kendisine teslim etmesini teklif etmiş, ancak o bunu reddetmişti. Adorno'nun bu sadakati karşılığında Murad Han, ekonomik olarak zorluk çekmeye başladığını bildiği Ceneviz'den aldığı vergileri tek kalemde iptal edip Peritorion kalesini de Cenevizlilere bağışladı. Bu bir ödülden daha ziyade çok açık bir dostluk göstergesiydi. Cenevizliler artık sadece ticari ve askeri bir müttefik değil yakın bir dost haline gelmişti. Zira Murad Han, bu lûtfundan sonra alışılmışın dışında bir hareketle diplomasi dilini terk ederek Adorno'ya sarılmıştır.

Murad Han, büyük bir savaş gemisine yerleşip yanındaki 500 askerle birlikte yola çıktı. Adorno da 20 kadırgada konuşlu 500 okçusuyla karaya ayak bastı. Hemen arkasından Murad Han, kendi okçuları ve diğer kuvvetleriyle birlikte karaya çıkıp sapan ve ok atışlarıyla Mustafa'nın zaten zayıf olan kuvvetlerini dağıttılar. Azaplar yoğun ok ve sapan atışlarına maruz kalır kalmaz savaş meydanından çekildiler. Mustafa da süratle Edirne'ye doğru kaçtı.

Murad Han, emrindeki 2 Bin tam zırhlı Ceneviz askeri, Yeni Çerileri ve bir kısım sipahiyle birlikte Edirne'ye ayak bastı. Edirne halkı onu coşkuyla karşıladı. Halkın bu coşkusu karşısında bir ziyafet veren Murad Han, yine adetin dışına çıkarak Cenevizli komutanları hatta askerleri Müslüman ahaliye yaptığı muamele ile ziyafete davet etti. Ardından Cenevizli kumandanlara çok kıymetli hediyeler vererek ülkelerine gönderdi. Takip eden birkaç gün içerisinde Mustafa, Kızılağaç Yenicesinde ele geçirildi. Elbette idamında bir saltanat mensubu muamelesi görmedi. Kirişle boğdurulmak yerine asılarak hisardan aşağı sallandırıldı (1422).

3. İstanbul Kuşatması
2. Murad, Şehzade Mustafa vakasının sorumlusu olan Manuel'in ihanetini cezasız bırakmayacaktır. Murad Han, Bizans kuşatması için hazırlıklara başladığında Manuel yeniden sulh edebilmek ümidiyle elçilerini Bursa'ya göndermiş, evvela isyanın bastırılmış olması hasebiyle tebrik etmiş, sulhun ise veziri Bayezid'in tutumu nedeniyle mümkün olamadığını, kendi kusurları için de özür dileyerek yeniden bir sulh sağlamak istediklerini iletmişti. 2. Murad, Bizans elçilere İmparatorlarının yanına dönmelerini, cevabını 20 Bin askeriyle birlikte Bizans surlarının önüne gelerek bizzat getireceği söylemiş, dediği gibi de yapmış ve elçilerin Bizans'a girmelerinin hemen akabinde ordusuyla surların önünde belirmişti (20 Haziran 1422).

Manuel, 2. Murad'ı sulha ikna edebileceği ümidiyle 1. Mehmed'in ve Bayezid Paşa'nın teveccühünü kazanmış, kendisine fazlasıyla itibar edilen ve hatırı sayılır bir dost gibi muamele gören tercümanı Teolog Koraks'ı (Theologos Corax) elçi olarak görevlendirdi. Ancak 2. Murad, bu hatırı sayılır elçiyi incitmeden sulh kapılarını tümüyle kapattı. Farkında olmasa da bu kararı Koraks'ın ölümüne yol açacaktır. Zira Koraks, Osmanlılar ile kurduğu derin münasebet hasebiyle şüpheleri üzerine çekiyordu. Rakibi olan saray tercümanı Pilis (Michel Pyllis) onu komutanlık vaadi karşılığında şehrin kapılarını açmakta anlaştığı dedikodusunu yaymış, Manuel de sulhu sağlarsa bu dedikoduyu boşa çıkartmış olacağı düşüncesiyle onu 2. Murad'a elçi olarak göndermişti. Koraks'ın sulha muvaffak olamaması hakkında ki dedikoduların gerçek olduğu intibasını güçlendirmiş, Giritli şövalyelerin başkaldırmaları tehlikesini göze alamayan Manuel, onu teslim etmek zorunda kalmıştı. Koraks, gördüğü ağır işkencelere ancak birkaç gün dayanabildi.

2. Murad, kuşatmaya henüz başlamamıştı. Zira 10 Bin süvarilik bir kuvvetle kuşatmaya katılması beklenen Mihaloğlu Mehmed Bey henüz Bizans'a ulaşamamıştı. Nihayet on günlük bir bekleyişin ardından Mehmed Bey'in de orduya katılması ile birlikte kuşatma başladı. 2. Murad, Mehmed Bey'in ordusu beklenirken ordusuna katılımı arttırmak için elde edilecek tüm yağmanın gazilere bağışlanacağını ilan etti. Bu çağrıya binaen muazzam ganimetten pay almaya heves eden kimi serseri, kimi çoban, kimi tüccar, kimi şeyh, kimi derviş pek çok kişi geldi. Hatta kuşatmanın manevi boyutunu güçlendirmek için, keramet sahibi bir evliya olarak görülen Buhari Emir Sultan da orduya katılmıştı. 2. Murad'ın çağrısına uyup Anadolu'dan gelen dervişler, şeyhler ve din alimleri Emir Sultan'a büyük hürmet göstermiş, eteğini hatta bindiği katırın dizginlerini öperek tazimde bulunmuşlardı. Emir Sultan'ın teşrifi hasebiyle Bizans'ın fethedileceğine kesin gözüyle bakılır olmuştu. Hatta bir kısım din alimleri tefeül ile fethin gerçekleşeceği günü ve saati hesaplamaya uğraşıyorlardı. Nihayet Emir Sultan, 24 Ağustos günü öğleden sonra atına binip kılıcını sallayarak üç kez nida edeceği vakit Bizans'ın düşmüş olacağını ilan etti. Artık fethin gerçekleşeceğine kesin gözüyle bakılıyordu.

Nihayet muhasara başladığında bir yandan yüksek hisarlara ulaşabilecek büyüklükteki ahşap kulelerle surlardaki gedikler yoklanıyor, diğer taraftan lağım vurularak surların ardına geçit verebilecek su kanalları aranıyordu. Bizans tarafında ise Manuel ve oğlu Yoannes bizzat Sen Romen kapısının savunmasını komuta ediyordu. Bizans kaynakları, bu kuşatmanın korkusuyla kadın ve çocukların bile savunmaya katıldığını, hatta silah olarak tırpan, kalkan olarak da fıçıların alt tahtasını kullandıklarını nakleder.

Osmanlı kuvvetleri, kuşatmadan sadece birkaç gün sonra bir gece ansızın geri çekilmiş, hatta kuşatma kuleleri ile yine kuşatmadan kullanılan diğer araçları ateşe vermişlerdi. Savunmaya katılan Papazlar, o gece surların önünde mor libas giymiş bir kızın nurlar ansızın belirdiğini, bunu gören Osmanlı askerlerinin korkuya kapılarak geri çekildiklerini yaymışlardı. Oysa gerçek çok farklıydı. Manuel, 2. Murad'ın geri çekilmesi için ona ihanet edecek bir şehzade daha bulmuştu. Üstelik bu şehzadenin de adı Mustafa'ydı.

1. Mehmed, vefat ettiğinde oğlu Mustafa henüz 13 yaşındaydı. 2. Murad tahta geçtiğinde Bizans, Mustafa ve diğer kardeşini sulh teminatı olarak istemiş, ancak Murad Han Bizans ile savaşa girmek pahasına bunu reddetmişti. Ancak 2. Murad'ın uğruna Bizans ile savaşa giriştiği kardeşi Mustafa, Bizans ile işbirliği yaparak isyana tevessül etti. Mustafa, Bizans'ın kendisini rehin istediğini öğrenince 2. Murad'ın kabul etmemiş olmasına rağmen korkuya kapılarak firar edip Karamanoğulları Beyliğine sığınmıştı. Bizans da Mustafa'yla irtibat kurarak tahta geçmesi için kendisini destekleyeceğini ileterek isyana teşvik etti. Mustafa, lalası Şerbetdar İlyas'ın da desteğiyle Anadolu'dan bir kısım kuvvetler toplayarak İznik'e saldırdı. Bu haber 2. Murad'a kuşatmanın en çetin, belki de muvaffakiyete en yakın anında geldi. Bizanslı rahiplerin keramet olarak yaydıkları vakanın aslı İmparatorlarının hilesinden başka bir şey değildi. Siyasi hileler konusunda fevkalade başarılı olan Manuel, bir kez daha Bizans'ı düşmekten kurtarmıştı. Bizans, daha önce de fetih gayesiyle Yıldırım Bayezid tarafından iki kez kuşatılmış, bu kuşatmalar da Anadolu'dan gelen bir haber sebebiyle muvaffak olunamamıştı. Nihayetinde bu zorunlu ricat ile sonlanan kuşatmayla bin kadar Osmanlı kuvveti şehit olmuş, Bizans ise lağım tuzakları ve hisar savunması hasebiyle yalnızca otuz kadar kayıp vermişti (24 Ağustos 1422).