Venedik'te bulunan 2. Manuel, adeta zaferle sonuçlanmış bir savaş sonrası yapılan barış antlaşmasını andıran bu şartları tereddüt etmeden kabul etti ve İstanbul'a dönerek antlaşmayı imzaladı (1403). Bu antlaşmanın diğer tarafları Venedik, Cenova, Rodos şövalyeleri, Sırp Despotluğu ve Nakdos Dükü idi. Süleyman Çelebi, bu antlaşmalar çerçevesinde düşmanlarına istediklerini vermiş, böylece Edirne'deki hükümdarlığını olası tehditlere karşı güvence altına almış oldu.

Süleyman, bu antlaşmaların verdiği emniyet ile vaktinin çoğunu saltanat makamında geçirdi. Devlet işleri Sadrazam Candarlı Ali Paşa'nın idaresindeydi. Halk ve ordu Ali Paşa'ya büyük sevgi ve saygı duyuyor, devlet de Ali Paşa'nın sadakat ve becerisi ile ayakta duruyordu. Süleyman Çelebi ise vaktinin çoğunu kurduğu divanda geçiriyor, ziyafetler ve hoş sohbetler gönlünü eğliyordu.

Kareside bulunan İsa Çelebi, devletin ikinci başkenti olan ama Süleyman'ın ehemmiyet göstermekte geciktiği Bursa'ya geçerek devletin eski başkentine konmayı ve Timur'dan alacağı icazet ile hükümdar olabilmeyi ümit ediyordu. Bursaya yerleşirken herhangi bir mukavemetle karşılaşmadı ve kısa bir süre sonra Timur'dan beklediği icazeti aldı. Timur, Süleyman'a hilat göndermiş ancak İsa'ya Bursaya yerleşme izni vererek kardeşlerin arasındaki husumeti körüklemişti. Bu vakalar cereyan ederken Bayezid Han içinde bulunduğu kederli duruma daha fazla dayanamayarak vefat etti. Timur, bu noktada da siyasi zekasını kullanmayı bildi ve Bayezid Han'ın naşını Süleyman'ın Rumeli'ye yerleşmesi nedeniyle eski sancağına geçemeyen Musa Çelebi'ye vererek Bursa'ya defnettirilmesi için yola çıkarttı. Musa Çelebi Bayezid Han'ın naşı ve beraberindeki kuvvetli bir askeri birlik ile Bursa'ya girince İsa Karesi'ye çekilmek zorunda kaldı (Mart 1403).

Devlet erkanını yanına alan Süleyman Çelebi'nin meşru hükümdar olması sebebiyle doğrudan Süleyman'a yönelik bir eyleme girişmeyen şehzadelerin amacı Bursa'yı ele geçirmek ve böylece hükümdarlıklarını ilan etmekti. Bu amaçla çekişmelerin merkezi Edirne değil Bursa oldu.

İsa Çelebi, belki askeri kuvvetinin yetersiz olması , belki de babasının naşına saygısızlık etmemek için geri çekilmiş, ancak kısa bir süre tertip ettiği ordu ile tekrar Bursa'ya doğru harekete geçmişti. Musa, bu ilerleyişi haber alınca Bursa'yı terk edip Germiyanoğullarına sığındı. Süleyman Rumeli'de devleti idare ediyor, ancak Bursa'da yaşananlara müdahale edemiyordu. Meşru hükümdar olmanın verdiği rehavet ile ziyafetler düzenliyor ve vaktinin çoğunu divan sohbetlerinde geçiriyordu.

Mehmed Çelebi, Ankara Savaşı sonrasında sancağı Amasya'ya dönmüş lakin Timur'un bölgeye atadığı Vali Kara Devletşah tarafından ele geçirilmiş olan sancağının başına geçemedi. Timur'a itaat sözü vermemiş olan Mehmed Çelebi, kendisine tabi olan bin kadar asker ile bir gece baskını düzenleyip Devletşah'ı öldürdü ve yeniden sancağının başına geçti. Daha önce Sivas ve Erzincan da bu sancağa bağlıydı, ancak Ankara Savaşının hemen öncesinde kaybedilmişti. Amasya sancağı artık Tokat ve Amasya'dan ibaretti. Mehmed Çelebi'nin işi İsa ve Musa Çelebilerinkinden daha zordu. Onlar Bursa'yı ele geçirmenin ve tahta oturmanın hesaplarını yaparken Mehmed, kaybedilen toprakları geri almanın hesabını yapıyor, sancağındaki topraklara göz diken diğer beylerle mücadele ediyordu. Bu beylerden biri de İsfendiyar Beydi. Mehmed Çelebi, İsfendiyar Beyin yeğeni Kara Yahya'yı Kastamonu'da zapt etmiş olduğu geçitlerden birinde yakalayıp öldürdü ve Bolu'ya yöneldi. Timur'un taarruzu sonrası bölgede hakim olmaya çalışan bir takım Türkmen beyleriyle mücadeleye girişti. Kubat , Gözler ve Köpek ismindeki bu beyleri mağlup ettikten sonra bölgesine tam anlamıyla hakim oldu.

Mehmed Çelebi, önce ağabeyi Süleyman'ın hükümdarlığını kabul etmiş, "Babam gitti ise Emirim sağ olsun, emirim babamın yadigarıdır" diyerek itaatini bildirmişti. Ancak babası Bayezid henüz sağdı ve bir şekilde geri dönme ihtimali vardı. Muhtemel ki babası hayatta iken taht için mücadele etmekten hicap duymuş, emaneti ağabeyi Süleyman'a bırakmakta beis görmemişti. Ancak Bayezid'in vefat haberini alması üzerine ağabeyi Süleyman'ın idareciliğinden de memnun kalmamış olacak ki taht mücadelesine ortak oldu ve "Osmanlıların Büyük Emir'i ve Padişahı" unvanını kullanmaya başladı.

Mehmed Çelebi, henüz genç yaştaydı ve ağabeyleri Süleyman ve İsa kadar itibar sahibi değildi. O, itibarını kendisi kazandı ve Amasya'da ki sancağının emniyetini aldıktan sonra Bursa'ya doğru harekete geçti. Bursa'ya hakim olan İsa'nın yanında Bayezid Han'ın deneyimli komutanlarından Timurtaş vardı. Timurtaş, Bursa'ya giden stratejik noktaların emniyetini almıştı. Mehmed Çelebi, Bursa'ya Domaniç üzerinden ani bir baskınla girmeyi planlıyordu ancak Timurtaş komutasındaki birliklerin bu bölgede konuşlanması üzerine strateji değiştirdi. Ani bir baskınla Bursa'ya giremeyeceğini anlayan Mehmed Çelebi, İsa Çelebi'yi üzerine çekmeye karar verdi ve Karesiye geçti. İsa Çelebi'nin ardında bıraktığı Karesi kolayca teslim oldu. İsa, elbette bu duruma sessiz kalamadı. Birliklerini hazırlayarak Karesi'ye doğru yola çıktı. Ulubatta meydana gelen çetin muharebe sonrasında Mehmed Çelebi zorda olsa zafere ulaşmayı başardı. Mağlup olan İsa Çelebi, Bursa'ya dönemeyeceğinden canını kurtarabilmek için Bizans'a sığındı. Mehmed Çelebi Bursa'yı ele geçirince Osmanlı için Anadolu'nun hükümdarı haline gelmiş oldu (1403).

Süleyman Çelebi, Mehmed'in Bursa'yı ele geçirmesini elbette kabul etmedi. Bizans'a sığınan İsa imparator 2. Manuel'in müsaadesiyle Süleyman'a sığındı. Süleyman da kendisini Anadolu Beylerbeyi ilan ederek emrine verdiği ordu ile Bursa'ya gönderdi. Mehmed, ihtiyaten Bursa'dan çekilmişti ancak İsa yine de Bursa'ya giremedi. Kenti müdafaa eden kuvvetlere karşı baskın gelemeyince kenti yakmaya kalkıştı ve Mehmed Çelebi'nin gelmesi üzerine geri çekilerek Beyşehir'e geçti. Kışı burada geçiren İsa Çelebi, Bahar gelip savaş hazırlıklarını tamamladığında Bursa'ya değil Karaman'a doğru yöneldi. Ancak Mehmed Çelebi'nin harekete geçtiğini öğrenince geri çekilmek zorunda kaldı. Nihayet Bursa yakınlarında karşı karşıya geldiler ve ağır bir mağlubiyet alan İsa Kastamonu'ya İsfendiyar Bey'e sığınmak zorunda kaldı. Şansını bu kez Ankara üzerine yürüyerek deneyen İsa, Gerede'de karşı karşıya geldiği Mehmed Çelebi ile yeniden savaşa tutuşsa da yine muvaffak olamayarak geri çekilmek zorunda kaldı. Art arda mağlup olan ancak vazgeçmeyen İsa Çelebi, şansını bir kez daha deneyebilmek için Aydınoğulları Beyliğine sığındı. Ancak Mehmed Çelebi'nin vazifelendirdiği adamları İsa Çelebi'yi Eskişehir'de bir Hamamda yakalayıp öldürdüler.

Mehmed Çelebi, Süleyman Çelebi'nin ilk taarruzunu püskürtmüştü. Ancak Bursa'nın hükmü altında olmaması Süleyman Çelebi'nin hakimiyetine gölge düşürüyordu. Bu durumu daha fazla göz ardı edemeyen Süleyman Çelebi, daha fazla beklemedi ve Bursa'yı geri almak üzere bizzat harekete geçti. Bu durumu haber alan Mehmed Çelebi, Amasya'ya geri çekilmek zorunda kaldı. Süleyman Çelebi Bursa'da coşkuyla karşılanmıştı. Buradan önce Karesiye oradan da Ankara'ya doğru harekete geçti (1404). Diğer taraftan kendisine biat etmeyen bazı Türk beylerine karşı harekete geçme kararı aldı. Osmanlı'ya karşı ittifak eden bu beylerin amacı Süleyman Çelebi'nin ilerleyişini durdurmak ve tekrar dolayısıyla bağımsız kalabilmekti. Ancak bu ittifak kalıcı olamadı. Süleyman Çelebi daha önce sancak beyliği yaptığı bu bölgeyi çok iyi biliyordu. Önce İzmir'e doğru yola çıktı. Aydınoğulları Beyi Cüneyt, Süleyman Çelebinin geleceği haberini alınca ittifak kurduğu beylerin yanına sığındı. Ancak beyler, sulh etmek için Cüneyt'i vermeyi düşünüyorlardı. Bunu haber alan Cüneyt Bey bizzat teslim olmayı istikbali açısından yeğledi ve boynunda bir zincir ile Süleyman Çelebi'den af dilendi. Bunun üzerine ittifak ettiği diğer beyler geri döndüler. Süleyman Çelebi, Cüneyt'i affederek buradan eski Efes kentine geçti. Artık adet edindiği üzere her sefer sonrasında sefahat sürmek üzere burada bir süre konakladı. Bazı yabancı kaynaklar Süleyman Çelebi'nin burada geçirdiği zamanda büyük bir ayyaş olarak ünlendiğinden bahseder.