Beyliklerin Fethi ve İtaat Altına Alınmaları (1390 - 1392)
Osmanlı ordusunun sınırlarına yaklaştığını gören eden Aydınoğulları Beyi, Anadolu'da ki isyanlara mütevellit kendisine bir zeval geleceği kaygısıyla Bayezid'in huzuruna gelip itaatini bildirdi ve samimiyetinin göstergesi olması gayesiyle bir kısım toprakları Osmanlı'ya bıraktı. Aydoğulları Beyi ile Bayezid bir süre birlikte vakit geçirdiler ve birlikte Tire'ye geçtiler. Bu süre zarfında daha kapsamlı bir anlaşmaya vardılar. Bu anlaşmaya ile Aydınoğulları Beyliğinin tüm toprakları Osmanlı'ya devredildi. Kendisi ise ecel gelinceye kadar bulunduğu yerden ayrılmama şartı ile beyliğine ait vakıfların idaresi ile vazifelendirildi.

Bayezid, Aydınoğulları'ndan sonra bir diğer Anadolu beyliği olan Saruhanoğulları beyliğine ulaştı. Bu beyliğin akıbeti de Aydınoğulları ile aynı oldu. Saruhanoğlu beyliği İlyas, Bayezid'e karşı koyamaz ve savaşarak topraklarını koruyamazdı. Ancak itaat altına girmeyi reddederek Timur'a sığınarak canını kurtardı. Hükümdarları kaçan beyler ise Bayezid'e itaat ettiler. Böylece Saruhanoğulları Beyliği de Osmanlı topraklarına katılmış, isyancı bir bey daha bertaraf edilmiş oldu.

Bayezid'in bir sonraki menzili Menteşoğulları Beyliği oldu. Menteşoğlu beyi hakimi olduğu toprakları ardında bırakma pahasına Bayezid'in tahakkümü altına girmeyi reddederek Timur'a sığındı. Ardında bıraktığı beyler, tereddüt etmeksizin diyarlarını Osmanlı idaresine bırakmayı kabul ettiler. Neticede Menteşoğulları toprakları da Osmanlı topraklarına katılarak devletin sınırları sulh ve suhulet ile genişlemiş oldu. Kaçan Menteşoğulları beyi'nin Timur'a sığınması, tarihe Ankara Savaşı olarak geçen vakanın öncü sarsıntısı olarak değerlendirilebilir.

Osmanlı Devletinin hakimiyet alanları Aydın, Menteş ve Saruhan beyliklerinin fethi ile çok kısa bir sürede fevkalade büyüdü. Osmanlı Devleti artık Anadolu'nun neredeyse üçte birine sahip duruma gelmişti. Bayezid'in bu muvaffakiyetleri karşısında Germiyanoğulları beyi 2. Yakub'un yapabileceği pek bir şey yoktu. Bayezid Kütahya'ya doğru yürüyünce Germiyanoğlu beyi 2. Yakub, kendisini kıymetli hediyelerle ve hürmetle karşıladı. Ancak bu tavrı onu ve beyliğini kurtarmaya yetmedi. Bayezid, Yakub ve veziri Hisar'ı zapt edip İpsala kalesine hapsetti. Beyliğin topraklarını da ihtilaf ya da direnişle karşılaşmaksızın hakimiyeti altına aldı. Böylece Batı Anadolu, İzmir ve güneyindeki Akdeniz kıyıları hariç Osmanlı hakimiyeti altına girmiş oldu. 2. Yakub, ilerleyen yıllarda hapsedildiği kaleden kaçmayı başararak Timur'a sığınacak ve Ankara savaşında Bayezid'e karşı savaşacaktır. Bu savaşın akabinde de Timur'un himaye ve desteğiyle tekrar beyliğinin başına geçecektir.

Anadolu beyleri Murad Gazi'nin vefatı ile isyan ederken Hamidoğulları beyi Hüseyin, isyana tevessül etmemiş ve kendisine bırakılmış olan Eğridir ve İpsala'da ömrünün son demlerini huzur içinde yaşamayı tercih etmiştir. Bayezid, isyan eden beyleri itaat altına almakla uğraşırken Hüseyin bey vefat etti. Zaten sağlığında beyliğine ait toprakların bir çoğunu Osmanlı'ya satmıştı. Vefatından sonra varisleri beylik iddiasını yürütmedi. Bu haseple kalan topraklar sulh ile Osmanlı'ya bırakıldı ve Batı Anadolu'daki son beylik de Osmanlı topraklarına dahil oldu.

Bayezid, Batı Anadolu'daki hamlelerinden sonra Bursa'ya geçerek Karamanoğulları üzerine sefere çıkmak üzere hazırlıklara başladı. Önce Afyonkarahisar'a geçti ardından ordusu ile birlikte Karamoğulları tarafından ele geçirilmiş olan Beyşehir'i geri aldı. Buradan da Konya'ya doğru yürüdü ve şehri kuşattı. Alaeddin Ali Bey, sığındığı Konya kalesinden çıkmayarak sulh isteğinde bulundu. Bayezid'in niyeti Konya'yı kesin olarak ele geçirmekti ancak Alaeddin Ali Bey Kadı Burhaneddin ile anlaşma yapmış, Burhaneddin de Kastamonu Beyi Süleyman ile ittifak kurarak Kırşehir'e kadar ilerlemişlerdi. Bu gelişme üzerine Bayezid, Alaeddin Ali Bey'in sulh teklifini kabul etmek zorunda kaldı. Çarşamba Suyu sınır olarak kabul edildi ve Alaeddin Ali Bey, yine yaptığı hatayı siyasi manevralarla telafi ederek canını kurtarmayı başardı (1390).

Bayezid, hem Kadı Burhaneddin hem de kendisine ihanet eden Kastamonu beyi Süleyman üzerine sefer hazırlıklarına başladı. Ertesi yıl Süleyman Bey üzerine taarruz etmeyi denedi. Ancak Kadı Burhaneddin'in ile ittifak kuran Süleyman Bey, Bayezid'in ordularını mağlup etmeyi başardı (1391). Bayezid, daha kapsamlı bir sefer için bir yıl daha bekledi. Nihayet ertesi yıl hem kendi ordusunu kuvvetlendirdi hem de vasalı Bizans'dan imparatorun oğlu 2. Manuel komutasındaki bir ordu ile birlikte iki koldan saldırıya geçti. Manuel deniz yolu üzerinden Süleyman Bey'in toprakları olan Sinop hattına taarruz etti. Kendisi de Osmancık'a saldırdı. Bu saldırılar neticesinde 2. Manuel Süleyman Bey'i öldürüp Sinop dışındaki bölgeleri zapt etti, Bayezid ise Osmancık'ı ele geçirdi. Kadı Burhaneddin, başına geçtiği ordusuyla birlikte Çorumlu mevkiine geldi ve Bayezid ile tekrar karşılaştı. Bayezid bu karşılaşmada da mağlup olarak geri çekilmek zorunda kaldı. Kadı Burhaneddin, Bayezid'i ikinci kez mağlup etmenin gururu ve cesaretiyle Ankara'ya kadar ilerledi. Bölgeyi ele geçirmese de yağma ve talan ederek gözdağı verdi ve geri çekildi.

Bayezid, Karamanoğulları üzerine yaptığı saldırıda istediği sonucu alamamış üstelik Kadı Burhaneddin'e karşı ise iki kez mağlup olmuştu. Bayezid'in bu seferlerdeki kazanımları 2. Manuel'in Sinop'a kadar olan Kastamonu beyliğine ait toprakları zapt etmesi ve Amasya Emirinin Bayezid'in egemenliğini tanıyarak topraklarını Osmanlı'ya bırakması oldu. Bayezid Anadolu'dan istediği sonucu alamadan yönünü yeni gelişmelerin yaşandığı Balkanlara çevirmek zorunda kaldı.