Kilisenin ilk dönemleri hakkında pek bilgi bulunmamaktadır. Türkmen akınlarından sonra karakol olarak kullanılmaya başlayan Sümela Manastırı, 1916-1918 tarihleri arasında ise bölgede devlet kurmak isteyen azınlıkların merkezi olmuştur. 2010'da Hristiyanlar izin alarak manastırda ilk kez ayin düzenledi. Restore edilen manastır günümüzde yerli ve yabancı ziyaretçilerini ağırlamaya devam ediyor.