Uygurlar, her ne kadar Şehir hayatına geçerek Ticaret, Sanat ve Kültürel yönlerden çok gelişmiş bir medeniyet haline gelmişlerse de, önceleri küçük bir din olan Maniheizm’in Uygurlar tarafından benimsenmesi Uygurların sonunu hazırladı. Tüccar Dini olarak görülen Maniheizm ile Uygurlar, savaşcı kişiliklerini kaybederek sakin ve mücadelesiz bir yaşama alıştılar. Bu yaşam tarzı Uygurların askeri gücünü çok zayıflattı ve büyük bir medeniyet olan Uygurlar, askeri yönden güçsüz ve dirayetsiz duruma geldi.

Uygurlar, Alp Külük önderliğinde başlayan isyan hareketi ile sarsılınca hızla zayıflamıştı. Alp Külük’ünde intihar etmesiyle de dirayetlerini koruyamadılar. Uzun süre baskı altında tutularak engellenen başka bir Türk boyu olan Kırgızlar, Uygurların zayıflamasını fırsat görerek 100 bin kişilik bir süvari ordusuyla Uygur şehirlerine girdiler. Alp Külük’ün intiharıyla başsız kalan Uygur devleti, zayıf ordusu ve otoritesiz askeri gücüyle bu saldırıya karşı koyamayarak yıkıldı.

Devlet otoritesi kaybolan Uygurlar, kurdukları muazzam medeniyetin yıkılmasıyla geniş kütleler halinde göç etmeye başladılar. Yıkılan hakan ailesinin mensupları tarafından ağırlıklı olarak iki bölgeye (Turfan ve Kansu) göç ettirilerek tarih sahnesine sonradan çıkacak olan Turfan Uygurları ve Sarı Uygurlar’ın temellerini oluşturdular.