Ahmet Togan Han Dönemi (998 – 1015)
Ahmet Togan Han, amcası Süleyman Arslan Han’ın vefatı üzerine hükümdarlığın esas sahibi olan babası Musa Beytaş’ın varisi olarak, kardeşi İlek Nasr’da ortak kağan olarak Karahanlıların yönetimini üstlendiler. Yine Türk Töresi gereği Ahmet Togan Han büyük kağan olarak ülkenin Doğusuna, İlek Nasr’da ortak kağan olarak Batısına yerleşerek bu bölgelerin idaresini üstlendiler.

Bu tarihlerde iç mücadeleler ve dış baskılar sonucunda zayıflayan Samani devleti yıkılma sürecine girmişti. İlek Nasr, bu fırsattan yararlanıp hem Karahanlılar için en büyük düşman olan hem de Müslüman olmalarına vesile olan Samani devletini yıkarak Maveraünnehir’i Karahanlı topraklarına dahil etti (999). Samani devleti yıkılmıştı ve önemli bir düşman bertaraf olmuştu ancak şimdi yeni bir düşmanları vardı. Asya bozkırlarında kendi egemenliklerini kazanan ve Karahanlılar gibi Türk ve Müslüman olan Gazne Devleti bu tarihlerde en parlak yıllarını yaşıyordu. Samanilerin yıkılmasıyla aynı soydan geldikleri Gazne Devleti ile sınırdaş olmuşlardı. Gazne Devletinin başında Gazneli Mahmut bulunuyordu ve oldukça güçlü bir devlet haline gelmişlerdi. İlek Nasr, Samanileri yıkıp Maveraünnehire hakim olunca Gazne Devletiyle sınırdaş olup anlaşma yaparak Amu Derya olarak anılan Seyhun Nehrini sınır Gazne-Karahanlı sınırı olarak belirlediler (1001).

Yeni sınırdaş Gazne Devletiyle anlaşma yapılmıştı ancak savaşçı ve mücadeleci bir kişiliğe sahip olan İlek Nasr bununla yetinmeyerek Horasan bölgesini (Bugünün Tahran/İRAN’ın doğusu) sınırlarına dahil etmek istiyordu. Karahanlı – Gazne barışı sadece 7 yıl sürdü. İlek Nasr, stratejik bir hamleyle Gazneli Mahmut’un Pencap bölgesinde sefere çıkmasıyla Horasana girdi ve şehri zapt etti (1008). İlek Nasr’ın amacı Gazneli Mahmut’u sefer dönüşünde yorgun ordusuyla Horasanda karşılayıp savunma savaşı yapmaktı. İlek Nasr ve Gazneli Mahmut, Pencap seferi dönüşünde Belh Şehrinde karşı karşıya geldiler. Tarihe Belh Savaşı olarak geçen meydan muharebesinde Karahanlı ve Gazneli orduları büyük bir mücadeleye giriştiler. Bu iki büyük ordunun mücadelesi neticesinde Gazneli Mahmut, yorgun ordusuyla savunma savaşı yapan Karahanlı ordusuna karşı galip gelerek Horasanı geri almış, İlek Nasr ise Karahanlılar için infiale sebep olacak bu savaştan yenik ayrılarak Maveraünnehir’e geri dönmek zorunda kalmıştı.

Belh Savaşı kaybedilmişti ancak bu mücadele sadece kaybedilmiş bir savaş olmakla kalmadı. Belh yenilgisi Karahanlı aileleri arasında mücadele ve anlaşmazlıklara sebep oldu. Büyük Han Ahmet Togan, kardeşi İlek Nasr’ı bu ağır yenilgi sebebiyle itham edince İlek Nasr, ağabeyi büyük han Ahmet Togan’a meydan okudu. Kimi Tiginler Ahmet Hanı, kimi Tiginler İlek Nasr’ı destekleyince iki kardeş arasında mücadele kaçınılmaz olmuştu. İlek Nasr başarılı bir komutandı ve güçlü bir ordusu vardı. Ahmet Togan Hanın ordusu ise uzun süredir savaşmamıştı. Bu sebeple Gazneli Mahmut’dan yardım istedi ve Mahmut Han’ın yardımıyla Nasr’ın üzerine baskı kurarak büyük bir savaş meydana gelmeden ayaklanmayı bastırdı. İlek Nasr bu mücadeleden birkaç yıl sonra (1013) yılında vefat etti. Ahmet Togan Han, Nasr’ın ölümü üzerine diğer kardeşi Yusuf Kadir Han’ı ortak kağan yaptı ancak kardeşi Yusuf Kadir Han’la birlikte ülkeyi 2 yıl yönetebildi. İlerleyen yaşı hasebiyle hastalanıp savaşamaz, sefere çıkamaz duruma gelince diğer kardeşi Mensur Arslan Han ülke yönetimine el koyduğunu açıkladı ve kendisini Büyük Kağan ilan etti. Ahmet Togan Han Mensur Arslan Han’ın kağanlığını tanımadı ancak karşı koyamayınca ülkeyi fiilen Mensur Arslan Han yönetmeye başladı. Bu anlaşmazlık Karahanlılar için bir karmaşaya dönüşmeye başladı.

Mensur Arslan Han Dönemi (1015 – 1024)
Mensur Arslan Han’ın ağabeyi Ahmet Togan Han’a meydan okuyarak zorla yönetimi eline alması aile içi mücadelelere ve iç karışıklıklara yol açtı. Büyük Kağan Ahmet Togan Han hastaydı, kardeşi Yusuf Kadir Han ortak kağandı, diğer kardeş Mensur Arslan Han yönetime zorla el koymuştu. Üstelik küçük kardeş Ali Tigin’de başkaldırmış, ülke yönetimine el koymaya teşebbüs etmişti.

Bu keşmekeş içerisinde tüm kardeşler birbirlerine karşı cephe almışlardı ancak Mensur Arslan Han, büyük kağan olması hasebiyle tek başlarına mücadele edebilecekleri bir güç değildi. Bu sebeple kardeşler Ahmet Togan, Yusuf Kadir Han ve Ali Tigin Mensur Arslan Han’a karşı birleştiler. Tüm kağanlar kendisine karşı birleşmiş olsalar da gücü ve otoriteyi elinde bulunduran Mensur Arslan Han, ülke yönetimini elinde bulundurmaya devam etti ve küçük kardeşi Ali Tigini tutsak ederek hapse attı.

Ali Tigin’in hapsedilmesinden kısa bir süre sonra ülkenin batı sınırında yaşayan 100 bin çadırlık garimüslim göçebe istilacılar Karahanlıların üzerine saldırı hareketi içerisine girişmekteydiler (1017). Bu istilacılar Karahanlıların kuzey doğu sınırı olan Turfan bölgesini talan ederek Karahanlı sınırlarının içlerine doğru ilerlemek niyetindeydiler. Mensur Arslan Han kendisini büyük kağan ilan etse de Ahmet Togan Han halen ülkenin Doğusunda söz sahibiydi. Ahmet Togan Han, ilerleyen yaşına ve hasta yatağında olmasına rağmen gayrimüslim göçebelere karşı sefere çıkarak bu kalabalık istilacı göçebeleri geri püskürtüp Turfan’a kadar ilerledi. Bu savaşın sonunda Turfan bölgesini tekrar Karahanlı sınırlarına dahil edildi ancak Ahmet Togan Han bu savaştan kısa bir süre sonra vefat etti.

Mensur Arslan Hanın hükümdarlığa geçmesiyle başlayan kardeş kavgası henüz bitmemişti. Ali Tigin halen hapisteydi. Yusuf Kadir Han ortak kağandı ve Mensur Arslan Han ile anlaşamıyordu. Her ne kadar Mensur Arslan Han kendisini büyük kağan ilan etmişse de Ahmet Togan Han bunu kabullenmemiş, ülke idaresinin yükünü de Yusuf Kadir Han üstlenmişti. Mensur Arslan Han bu baskılar üzerine kendi rızasıyla Büyük Kağanlıktan vazgeçerek ülkenin idaresini ortak kağan olan kardeşi Yusuf Kadir Han’a bıraktı (1024). Bu barışın ardından hapiste tutulan Ali Tigin’de özgürlüğüne kavuşmuş oldu.