Yusuf Kadir Han Dönemi (1024 – 1032)
Yusuf Kadir Han tartışmasız olarak Büyük Kağan olmuştu ve ülke yönetimini eline amıştı ancak bu barış uzun sürmedi. Bu kez 7 yıl hapiste kalan ve serbest kalan Ali Tigin büyük kağan olmak istiyordu. Üstelik amcası Harunun oğlu Ahmet’de önemli bir kumandandı ve Saltanat mücadelesinin içerisinde yer alarak hükümdar olmak arzusunu açıkça dile getirdi. Ahmet ve Ali Tigin, Yusuf Kadir Han’a karşı güç birliği yaptılar.

Bu tarihlerde Gazneliler gibi diğer bir Türk Boyu Bağdat’da Büyük Selçuklu Devletinin temellerini atmıştı. Kendi otoritelerine kavuşan Selçuklular büyümüş ve güçlenmişti. Ali Tigin Selçuklu Türklerinin büyük kağanı Arslan beyle iyi ilişkiler kurarak Yusuf Kadir Han’a karşı destek istedi. Ali Tigin, Arslan Bey’den aldığı destekle Buharaya girerek şehri zapt etti. Ahmet Tigin’de kendi kuvvetleriyle Balasagun, Hocent, Ahsikas, Fergana ve Özkent’e ele geçirmişti (1025). Güçlü bir kumandan olan Ahmet ve Selçuklulardan destek alan Ali Tiginin bu ayaklanması Yusuf Kadir Han’ı zor durumda bıraktı. Önemli şehirler ele geçirilmiş, Yusuf Kadir Han’ın otoritesini sarsmışlardı. Ülkenin yönetimini tümüyle ele geçirmek için Ahmet Han kendisini büyük kağan, Ali Tigin’de ortak kağan ilan ettiler. Yusuf Kadir Han ise Büyük Kağanlıktan vazgeçmeyerek mücadele etmeye devam etti. Bu mücadele 2 yıl boyunca kanlı mücadelelerle devam etti.

Yusuf Kadir Han, Ahmet – Ali Tiginlerin işbirliği ve Selçukluların desteği karşısında yalnızdı. Bu sebeple iyi ilişkiler içerisinde bulunduğu Gazne Hükümdarı Mahmut’dan yardım istedi. Güçlü bir hükümdar olan Gazneli Mahmut’un desteğiyle Ahmet – Ali Tiginler üzerinde baskı kurmaya başladı. Gazneli Mahmut, Ali Tigin’in destekçisi Selçuklu hükümdarı Arslan Bey’i siyasi bir hile ile Kalincar kalesine hapsettirdi. Ali Tigin önemli bir destekten yoksun kalmıştı. Üstelik Gazneli Mahmut’unda hedefi haline gelmişti. Bu tehlikeden kurtulmak için kaçarak çöllerde gizlendi. Aylarca çölde gizlenmek zorunda kalan Ali Tigin, Gazneli Mahmut’un Gazneye geri dönmesiyle geri döndü ve kendisine bağlı olan kuvvetleri tekrar toplayıp Semerkand ve Buharaya saldırarak bu şehirleri zapt etti. Ancak Yusuf Kadir Han’ın Gazneli Mahmut’dan aldığı destekle önce Semerkandı ve Buharayı sonra Ahmet Tigin’in zaptettiği Balasagun, Hocent, Ahsikas, Fergana ve Özkenti geri aldı. Ahmet Tigin, zaptettiği toprakları kaybedince otoritesinide kaybederek hükümdarlık mücadelesinden çekilmek zorunda kaldı. Ali Tiginse Semerkand ve Buharayı kaybettikten sonra kontrolündeki tek bölge olan Maveraünnehire yerleşerek burada “Tavgaç Buğra Han” ünvanıyla Tavgaç Devletini ilan etti.

Yusuf Kadir Han, Gazneli Mahmut’un desteğiyle zapt edilen şehirleri geri almıştı ve otoritesini sağlamlaştırmıştı ancak Maveraünnehiri halen Ali Tigin’in elindeydi. Bu şehir Karahanlılar için hem önemli hem stratejik bir bölgeydi. Yusuf Kadir Han yönetimi elinde tutabilmekteydi ancak henüz Ali Tigin’i tam olarak mağlup edemediği için Maveraünnehir üzerinde otorite oluşturamıyordu. Zira yaşı da oldukça ilerlemişti.

Yusuf Kadir Han’ın destekçisi Gazneli Mahmut 1030 yılında vefat etti. Yusuf Kadir Han, önemli bir müttefikinin desteğinden yoksun hale gelmişti. Yusuf Kadir Han’da 1032 de vefat edince yerine oğulları Süleyman Han büyük kağan olarak, Muhammed Han’da yardımcı kağan olarak ülke yönetimine geçecekti. Önceden beri Karahanlıların yönetimi içi mücadele eden ve bir türlü başarılı olamayan Ali Tigin için bu büyük bir fırsattı. Zira Büyük Kağan ölmüştü ve veliahdı henüz otoriteyi tam olarak eline almamıştı. Bu fırsatı değerlendiren Ali Tigin, kendisini Karahanlıların Büyük Kağanı ilan etti ve Süleyman Han’a başkaldırdı. Ali Tiginin tekrar başkaldırması üzerine varis Süleyman Han, babasının dostu ve müttefiki Gazne Devletinin yeni hanı Mesut Han’dan yardım istedi. Mesut Han da babasının eski müttefiki olan Karahanlıları geri çevirmedi ve Süleyman Han’a destek vermesi amacıyla Ali Tigin’i ortadan kaldırması için Harezm şehrinin valisi Altuntaş’ı Maveraünnehir üzerine sefere çıkma görevi verdi. Altuntaş ve Ali Tiginin orduları Maveraünnehir sınırında karşı karşıya geldiler. Yaşanan savaşın galibi Ali Tigin oldu ve Harezm valisi Altuntaş savaş meydanında öldürüldü. Gazne Sultanı Mahmut Han, Altuntaşın ölümü üzerine Harezm valisi olarak varisi Harun’u getirdi. Şüphesiz Altuntaşın başaramadığını başarmak için görevlendirilmişti ancak Harun Han, Ali Tiginle işbirliği yaparak Maveraünnehir’i aralarında paylaşmak üzere anlaştılar. Bu çift taraflı ihanet oyunu ortaya çıkınca Gazneli Mesut Han hem Harun Han’ı hem Ali Tigin’i ortadan kaldırmak üzere bizzat ordularının başına geçerek sefer hazırlığına başladı. Ali Tigin, Gaze gibi büyük bir devlete tek başına karşı koyamazdı. Bu sebeple Selçuklulardan yardım istemek için yola çıktı. Ali Tigin, büyük savaşlar yapmış, büyük düşmanlar edinmiş biri olarak çıktığı yolda yağmacı küçük bir hırsızlık çetesi tarafından öldürüldü (1034).

Karahanlıların Bölünmesi
Yusuf Kadir han ve Ali Tigin ölmüştü ancak iç karışıklık sona ermedi. Bu kez Ali Tigin’in büyük oğlu Yusuf Tigin kendisini büyük kağan ilan etti. Karahanlı Devleti artık ne Süleyman Hanın ne de Yusuf Tigin’in kontrolünde değildi. Saltanat mücadelesi içerisine giren hanedan aileleri ve hanedan adayları tüm güçlerini birbirleri ile mücadele etmek için sarf etmeye başladılar. Karahanlılar bu iç karışıklıklarla uğraşırken Tuğrul ve Çağrı bey idaresindeki Selçuklu Devleti Karahanlıların önceden beri almak için mücadele ettikleri Horasan’ı topraklarına dahil ettiler. Bu büyük kayıp Karahanlı ailelerini tümüyle birbirlerine düşürdü. Karahanlı aileleri ve Karahanlı ordusunu teşkile den birlikler destekledikleri hükümdar adayları için birbirleriyle mücadele ederken Selçuklu Devleti Horasana sahip çıkmıştı.

Hanedan ailelerinin birbirleriyle mücadeleleri kanlı ve kalabalık savaşlar halinde artarak devam etti. Bu mücadeleler 8 yıl boyunca şiddetlenerek devam etti. Bu süre zarfında Karahanlı devleti başsız, Karahanlı beyleri, tiginleri ve emirleri altındaki orduları birbirleriyle savaşır durumdaydı. Bu mücadelelerin sonunda gerçek varis Süleyman Han’ı destekleyenler ile büyük kağanlığını kabullenmeyenler otoritelerini ayırarak aralarında fiziki bir sınır çizdiler. Bu sınırla Süleyman Han Balasagun’u başkent yaparak Doğu Karahanlıların, Süleyman Han muhalifleri de Muhammed Hanı başa getirerek Özkenti başkent yapıp Batı Karahanlıların başına geçtiler. Böylece Karahanlılar 1042 yılında fiilen bölünerek iki ayrı devlet haline geldiler.