Bögü’yü öldürerek yönetimi eline alan Baga Tarkan, kendisine “Alp Kutluk Bilge” ünvanı verdi. Bu unvan onun politik kişiliğinide yansıtmaktaydı. Toplum içerisindeki sosyo-politik durumu ve toplum içerisindeki adaleti sağlamak amacıyla Türk’ler için Anayasa niteliği taşıyan Töre’leri kanun nizamıyla şekillendirdi. Böylece Uygurlar hem yerleşik düzene geçmiş hemde yeni yaşam tarzları sosyal ve ticari yönden yasalaştırılmış Töre Kanunlarıyla düzene girmiş oldu. Bu olumlu gelişmelerin yanında Töre’ye Manieizm referanslı kanunlar getirerek de Tek Tanrı inancının asimile olmasına sebep olmaktaydı.

Baga Tarkan, sosyal ve politik alanlardaki faaliyetlerinin yanında askeri yönden de aktif bir yol izledi. Çin’li bir prensesle evlenerek yegane tehdit ve düşman olan Çin ile iyi ilişkiler kurdu. Bunun yanında Uygurlu tüccarların Çin’e yaptıkları ticari faaliyetlerini de hızlandırdı. Ülke içerisinde de isyan ve ayaklandırmalara mahal vermeyerek iç huzuru tahsis etti. Uygurlar için önemli tehditlerden biride kuzey bölgesinde bulunan ve ileriki dönemlerde Uygurların yıkılmalarına neden olacak Kırgızlar bulunuyordu. Baga Tarkan, kuzey bölgesindeki Kırgızların Uygurlar üzerinde kurmaya çalıştığı baskıları da bertaraf ederek püskürttü ve bir süre içinde olsa tehlike olmaktan uzaklaştırdı.

Baga Tarkan, Uygurları yönettiği 10 yıl süre içerisinde Uygurların sosyal yaşantısını düzene sokarak bölgesindeki gücünü muhafaza etti. Bu müspet faaliyetlerinin yanında Manieizm inancının da yayılmasında önemli rol oynayarak toplumun Tek Tanrı inancından uzaklaşarak asimile olmasına sebep oldu.

789 yılında vefat ettiğinde yerine oğlu Külük geçti.