M.Ö. 600 civarında Samos’lu kolonistler tarafından kurulmuştur. Tarihçi Plinius, Perinthos’un 200 ayak genişliğinde bir kara parçasıyla anakaraya bağlı olduğunu yazmaktadır. M.S.3. yüzyılda adı; Herakleia olarak değişen kent bugünkü Marmara Ereğlisi ilçe merkezidir.

Marmara Ereğlisi’nde İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Prehistorya Bölümü’nden Prof.Dr. Mehmet Özdoğan ile Tekirdağ Müze Müdürü M.Akif Işık'ın yapmış oldukları kurtarma kazılarında Kalkolitik Çağa ait buluntularla karşılaşılmıştır.
Ayrıca Marmara Ereğlisi’nin kuzeyindeki düzlük ve tepelerde de sekiz tümülüs bulunmuştur. Bu tümülüsler kuzeyden güneye doğru deniz kıyısına dikey üç sıra halindedir. Bunlar; Kukunartepe, Kalemistepe, Çiçeklitepe, Yılmatepe, Miltepe, Küçük Metristepe, Büyük Metristepe ve Bekçitepe’dir. Kamaradere ve Topteke höyüklerinde de MÖ.4300 yıllarına inen buluntularla karşılaşılmıştır.



Antik Çağda ismi Perinthos olan bu yerde bir Trak yerleşimi olduğu bilinmektedir. Antik kaynaklara ve arkeolojik kazılarına dayanılarak yörenin MÖ.VI.yüzyılda Samos Adası’ndan gelen kolonistler tarafından kurulduğu anlaşılmaktadır. Pers kralı Dairius MÖ.514-513 yıllarında Tuna’nın kuzeyinde İskitlere karşı yaptığı sefer öncesi Trakya’yı ve Marmara Ereğlisi’ni de egemenliği altına almıştır.
Perslerin Trakya’dan çekilmesinden sonra Perinthos kenti bağımsızlığını kazanmış, ardından Makedonya kralı II.Philip bölgeyi Odyris Kralı Kersepleptesi yenerek ele geçirmiştir. Bunun ardından II.Philip’in oğlu Büyük İskender Perinthos’u egemenliği altına almıştır. Perinthos’ta Büyük İskender döneminde ( MÖ. 336-323) darphane kurulmuş, Büyük İskender bu darphanede kendi adına sikke bastırmıştır. İskender’in ölümünden sonra Roma döneminde Perinthos bağımsızlığını kazanmıştır.

MÖ. 72 yılında Orta Karadeniz kıyılarına hakim olan Pontus kralı Mithridates batıya doğru ilerlemiş bir çok batı kentlerini ele geçirdikten sonra Perinthos’u da kuşatmışsa da ele geçirememiştir. MS. 19 yılında Roma İmparatoru Tiberius Trakya’ya Vali göndermeye başlamış ve Trakya Roma’ya bağımlı bir devlet haline gelmiştir.



MS.46 yılında İmparator Cladius, Trakya’daki krallıkları ortadan kaldırarak Roma eyaletini kurmuştur.
Roma döneminde eyalet valisinin ikametgahı Perinthos olmuştur. Bu dönemde kentin ticareti gelişmiş, liman kenti oluşundan ötürü de önem kazanmıştır. Ayrıca burada çeşitli yolların kesişmesi ile de önemi daha da artmıştır. İmparator Septimus Severius Byzantion’u köy statüsüne indirerek eyalet merkezi olan Perinthos’a bağlamıştır. Bu savaş anısına Septimus Severius Büyük bir heykelini Perinthos’a diktirmiştir. Bu dönemde Perinthos oldukça hızlı gelişmiştir. Roma İmparatoru Aurelius’un ölümünden sonra Perinthos’un ismi Herakleia olarak değiştirilmiştir.



MS.IV. ve V.yüzyıllarda Herakleia halı dokuma merkezi olarak ün yapmıştır. Roma İmparatorluğunun MS.395 yılında ikiye ayrılmasından sonra Kostantinapol ön plana çıkmış, Perinthos-Herakleia da önemini yitirmiştir.
Bizans İmparatoru Anastasius (491-518) Iustinianus (527-565) zamanlarında Herakleia büyük bir onarım geçirmiş ve yeniden yapılanmıştır. Bu dönemlerde Perinthos’un dini bir piskoposluk merkezi olduğu yazılı kaynaklardan öğrenilmektedir.
Dr.Nuşin Asgari ve Tekirdağ Müze Müdürlüğü tarafından yapılan sur içi kazılarında bu döneme ait iki büyük bazilikanın bulunmasıyla bu durum yazılı belgeler ve kalıntılarla birlikte kanıtlanmıştır.