Orta Çağ döneminde de Hipokrat ve Galen'in görüşleri kabul görmüş ve fazlaca taraftar toplamıştır. Roger ve Roland (11. ve 12.asırlar arasında) Salorno'da kurulan ilk bağımsız medikal okulda çalışmışlar, kanseri tanımlamışlar, paraziter hastalıklarda cıvalı bileşikleri kullanmışlar ve irinin yaranın içinde meydana geldiğini bildirmişlerdir. Orta Çağ döneminde, veba, lepra, erisipel, kolera, terleme hastalığı (muhtemelen influenza) ve frengi gibi hastalıklar oldukça fazla yaygındı. Milyondan fazla insanın bu hastalıklardan öldüğü açıklanmıştır. Venetian Hükümeti, infekte gemileri limanlara sokmamak için bazı karantina önlemleri almış ve bir halk sağlığı örgütü kurmuştur (1348). Boccacio (1313-1375), yazdığı Dekameron (decameron) adlı eserinde, öldürücü ve yaygın olan vebanın bulaşması hakkında ayrıntılı bilgiler vermiştir. Bu dönemde, sirke antiseptik olarak tavsiye ediliyordu.