Mikroorganizmaların bulunmasından sonra, spontan jenerasyon (abiyogenezis) teorisi, yavaş yavaş yerini, bir canlının diğer canlıdan türeyebileceği (biyogenezis) görüşüne bırakmıştır.

Viyanalı bir doktor olan Marcus Antonius von Plenciz, 1792'de, "Hastalıklarda Jerm Teorisi" adı altında yayımladığı bir eserinde konu üzerinde görüşlerini açıklamış ve her hastalığın kendine özgü görülmeyen bir nedeni olduğuna dikkati çekmiştir.

Louis Pasteur (1822-1895), kuduz, tavuk kolerası ve antraks hastalıkları üzerinde bazı araştırmalar (korunma ve aşılama) yapmış ve ayrıca şarap ve biranın maya hücreleri tarafından fermente edildiğini de (fermentasyon) saptamıştır. Bunların yanı sıra, optimal koşulların dışında üretilmeye çalışılan mikroorganizmalalar da bazı değişmelerin meydana gelebileceğini, özellikle, virülensde oluşan varyasyonların, aşılama ile koruyucu etki göstereceklerini saptamıştır. Pasteur, 1879-1880 yılları arasında, hayvanlardaki antraks hastalığına karşı hazırladığı iki attenüe suşla (Pasteur-1 ve -2) bağışıklık elde etmiş ve koyunları bu hastalıktan korumuştur. Bu çalışmaların yanı sıra, 1885'de, kendi yöntemi ile virüs fiksli tavşan omuriliğini bir desikatöre uygun bir süre (8-14 gün) koyarak kurutmuş ve böylece hazırladığı aşı ile korunmanın mümkün olabileceğini ortaya koymuştur. Bu konu üzerinde de Paris'te bir konferans vermiştir. Fermentasyon üzerindeki çalışmaları sonunda da, Pasteur aşağıdaki esasları ortaya koymuştur:

1) Bira veya şarapta meydana gelen her değişme, bunları fermente eden veya bozan mikroorganizmalar tarafından ileri gelmektedir.

2) Fermente eden etkenler, hava, kullanılan alet ve maddelerden gelmektedirler.

3) Bira veya şarap herhangi bir mikroorganizma içermezse, hiç bir değişikliğe uğramaz.

Pasteur, yaptığı çalışmaların sonucuna göre, kendi adı ile anılan pastörizasyonun esasını da kurmuştur.

Bir İngiliz cerrahı olan Joseph Lister (1827-1912), Pasteur 'ün prensiplerini cerrahiye uygulamıştır. Operasyonlarda dezenfektan bir maddeye (asit fenik) batırılmış sargılar kullanarak infeksiyonun önüne geçmiştir. Böylece, Lister cerrahide, antiseptiklerin önemini ve antisepsinin yerini ortaya koymuştur (1852).

Schoenlein, 1839'da, deri hastalıklarından olan favus ve pamukçuk'un mantarlardan ileri geldiğini saptamıştır.

Edwin Klebs (1834-1913), Löffler ile birlikte difteri hastalığının etkenini izole etmeyi başarmışlardır. Bilim adamı, bunun yanısıra, travmatik infeksiyonlar, malarya ve kurşun yaraları üzerinde de bazı faydalı çalışmalar yapmıştır. Hayvanlarda da, deneysel olarak, ilk tüberkulozis lezyonlarını oluşturmayı başarmıştır.

Karl Joseph Eberth (1835-1926), insanlarda tehlikeli bir hastalık olan tifonun etkenini (Eberthella typhosa) bulmuştur.

Robert Koch (1843-1910), mikroorganizmaları saf üretebilmek için katı besiyerlerini geliştirmiş ve karışık kültürlerden saf kültürler elde etmeyi başarmıştır. Böylece, bakteriyolojiye yeni teknikler getirmiştir. Koch, aynı zamanda, hastalıklar üzerinde de bazı kriterler ortaya koymuştur. Bunlar da "Koch postulatları" olarak bilinmektedir.

1) Hastalıklar spesifik etkenler tarafından oluşturulurlar,

2) Etkenler izole edilmeli ve saf kültürler halinde üretilmelidir,

3) Duyarlı sağlam deneme hayvanlarına verildiklerinde hastalık oluşturabilmeli ve

4) Tekrar saf kültürler halinde üretilebilmelidirler.

Bu 4 görüş uzun yıllar geçerliliğini korumuştur. Koch, mikroorganizmaları anilin boyaları ile boyama yöntemlerini de geliştirmiş ve bakteriyoloji alanında uygulanabilir hale getirmiştir. Antraks hastalığının bulaşma tarzını ve etkeninin sporlu olduğunu da saptayan Koch, 1882'de, tuberkulozis'in etkenini de izole edebilmiş ve sonraları, tuberkulozlu hastaların teşhisinde çok yararlar sağlayan bir biyolojik madde olan "Tüberkülin"i de hazırlamıştır.

Otto Obermeier (1843-1873), 1873' de, Borrelia recurrentis 'i bulmuştur. Karl Weigert (1845-1904) bakterileri boyamada anilin boyalarını kullanmıştır. B. Bang (1848-1932), sığırlarda yavru atımlarına yol açan hastalığın etkenini (Brucella abortus) bulmuştur. Agostino Bassi, 1835' de, ipek böceği hastalığını açıklamış ve bunun kontak ve gıda ile bulaştığını göstermiştir. George Gaffky (1850-1918), tifonun etkenini (E. typhosa) saf kültürler halinde üretmiş ve tifonun etiyolojisini açıklamıştır. John Snow, 1839'da, epidemik koleranın sulardan bulaştığına dikkati çekmiştir. William Welch (1850-1939), 1892'de, gazlı kangrenin etkenini (C. welchii) ve Hansen'de 1874'de, lepra hastalığının etkenini (Hansen basili, M. johnei) tanımlamışlardır. Nicolaier, 1885'de, topraktan tetanoz mikrobunu izole etmiş ve hastalığı hayvanlarda deneysel olarak meydana getirmiştir K. Shige, 1898'de, dizanteri basilini bulmuş M.leprae'nin de kültürü üzerinde çalışmalar yapmıştır. Friedrich Löffler (1852-1915), Koch ile birlikte difteri basilini üretmeye çalışmışlar ve 1884'de saf kültürler halinde üretebilmişlerdir. W. Löffler, 1882'de, domuz erisipel etkenini bulmuştur. David Bruce (1855-1931), malta hummasının, nagana hastalığının ve uyku hastalığının etkenlerini bulmuş ve uyku hastalığının çeçe sineği ile bulaştığını da ortaya koymuştur. Ronald Ross (1857-1923), 1896'da, Plasmodium malaria 'nın yaşam tarzını saptamış ve bunu aydınlatmıştır. Theobald Smith (1859-1934), Texas sığır hummasının kene ile nakledildiğini saptamıştır. Albert Neisser (1885-1916), insanlarda gonore'nin etkeni olan gonokok'ları bulmuştur. Hideye Noguchi (1878-1928), kültür teknikleri ve hayvan zehirleri üzerinde çalışmalar yapmıştır. Treponema pallidum 'u da saf kültürler halinde üretmiştir.